一、利用果蝇转座子作载体构建土垢分枝杆菌变异基因文库的研究(英文)(论文文献综述)
赵岩[1](2021)在《中国人群肠道中发酵乳杆菌的基因差异及其对肠道的生理调节作用》文中认为发酵乳杆菌是一种革兰氏阳性菌,在发酵植物和动物以及人和动物的肠道中普遍存在。发酵乳杆菌在2009年和2013年分别被欧洲食品安全局(EFSA)和美国食品药品管理局(FDA)认定为安全食品。越来越多的研究表明发酵乳杆菌可以拮抗致病菌,调节免疫,抗氧化,改善肠道动力,调节血脂代谢等,对人类健康具有有益的作用。随着发酵乳杆菌益生作用的发现,从基因水平上了解发酵乳杆菌的菌株差异并揭示与其益生作用相关的功能基因就显得极为重要。NCBI基因组数据库上可获得的发酵乳杆菌基因组很少,这些发酵乳杆菌主要分离于各种发酵食物,且对人体肠道来源发酵乳杆菌基因差异的研究很少。因此,本文首先开发了一个用于筛选人体肠道发酵乳杆菌的改良培养基,利用此培养基分离筛选中国人群肠道中的发酵乳杆菌,通过基因组测序进行基因差异分析,同时通过groEL基因测序探究中国人肠道中发酵乳杆菌的分布;最后通过动物模型评价不同遗传背景的发酵乳杆菌对结肠炎和功能性便秘的缓解作用,并结合基因组解析相关益生机制,并进行实验验证。主要研究成果如下:开发了一个筛选人群肠道中发酵乳杆菌的培养基。首先选择文献报道人体肠道中最常见的22株乳酸菌(包括乳杆菌(Lactobacillus)、片球菌(Pediococcus)和魏斯氏菌(Weissella))进行碳水化合物利用和抗生素敏感性实验,发现人体肠道中不同乳酸菌对碳水化合物利用能力和抗生素耐受性均具有差异。其中发酵乳杆菌能利用的糖有阿拉伯糖、甘露糖和核糖,不能利用木糖、纤维二糖和海藻糖,且发酵乳杆菌对克林霉素敏感,可以耐受低浓度四环素、红霉素、氯霉素、氨苄西林和青霉素G,而对链霉素、庆大霉素和万古霉素具有较高的耐受性。结合碳水化合物的利用情况和抗生素敏感性分析这22株菌的碳水化合物活性酶基因和抗生素耐受基因发现,发酵乳杆菌能利用阿拉伯糖的关键基因是阿拉伯糖代谢酶基因ara A,而乳酸菌对链霉素和庆大霉素的耐受能力与抗生素抗性基因mdtD、mprF、murA和adeC具有较高的相关系数。最终在LAMVAB培养基的基础上用阿拉伯糖替换葡萄糖作为唯一的碳源,并添加64 mg/L庆大霉素和256 mg/L链霉素抑制其它大部分乳酸菌的生长,改良后的培养基命名为LFMATA。与LAMVAB(6%±4%)相比,LFMATA(82%±2%)培养基对人群肠道中发酵乳杆菌的筛选效率更高。探究了中国人群肠道中发酵乳杆菌的分布,并分析了中国人群肠道发酵乳杆菌的基因差异。通过groEL基因序列扩增和Mi Seq高通量测序技术在200个中国人体肠道检测到51种乳杆菌,人体肠道中丰度最高的几种乳杆菌为粘膜乳杆菌、瘤胃乳杆菌、卷曲乳杆菌、格氏乳杆菌、植物乳杆菌和德氏乳杆菌。其中超过90%的人体肠道中检测到发酵乳杆菌的存在,然而发酵乳杆菌在中国人体肠道乳杆菌中的丰度普遍低于1%。利用LFMATA培养基从中国13个省、3个直辖市和4个自治区的人群粪便样本共筛选到了164株发酵乳杆菌株,通过测序获得其基因组草图序列。对筛选得到的164株发酵乳杆菌基因组和60个来自NCBI的发酵乳杆菌基因组进行系统发育分析,结果表明,这224株发酵乳杆菌在系统发育树上主要聚类在6个分支(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ)上,人体肠道来源的发酵乳杆菌的进化趋势与其宿主的地域,年龄和性别都没有关联,但是人体肠道来源(主要聚类在进化支Ⅰ、Ⅱ、Ⅴ和Ⅵ)和食品来源(主要聚类进化支Ⅲ、Ⅴ和Ⅳ)发酵乳杆菌在进化上呈现出明显的分化趋势。分析这224株发酵乳杆菌的比较基因组分析发现,不同系统发育分支上的发酵乳杆菌在直系同源蛋白,碳水化合物活性酶和抗生素抗性基因上均呈现出差异。评价了具有基因差异的发酵乳杆菌对DSS诱导小鼠结肠炎的缓解效果,并对其相关功能基因进行了解析。研究来自224株发酵乳杆菌系统发育树不同分支上的4株发酵乳杆菌(XJ61、CECT5716、WX115和GD121)对DSS诱导结肠炎小鼠的缓解作用发现,这4株发酵乳杆菌对DSS诱导结肠炎的缓解作用具有菌株特异性。发酵乳杆菌CECT5716和XJ61可以减缓DSS诱导结肠炎小鼠的结肠缩短,使其体重下降和DAI指数上升,并改善小鼠结肠组织病理变化,与它们能增强小鼠肠屏障功能,增加小鼠肠道短链脂肪酸水平,抑制结肠相关炎症因子的表达及抑制NF-κB信号通路的激活有关;发酵乳杆菌WX115和GD121对小鼠结肠炎没有缓解作用。对这4株菌进行比较基因组分析发现,发酵乳杆菌XJ61和CECT5716基因组中含有11个特有基因,其中涉及乙醇脱氢酶合成的基因(adh4)被报道与细菌乙酸产生途径相关,可能和缓解DSS诱导结肠炎有关。进一步研究发现,敲除发酵乳杆菌XJ61上的adh4基因后,发酵乳杆菌XJ61对DSS诱导结肠炎小鼠的缓解作用明显减弱。评价了具有基因差异的发酵乳杆菌缓解洛哌丁胺诱导小鼠便秘的效果,并对其相关功能基因进行了解析。研究来自不同系统发育支系的5株发酵乳杆菌(XJ61、CECT5716、WX115、GD121和YN54)对洛哌丁胺诱导便秘小鼠的缓解作用时发现,发酵乳杆菌YN54对洛哌丁胺诱导便秘小鼠具有缓解作用,其它4株发酵乳杆菌则没有明显的缓解作用。分析发现发酵乳杆菌YN54含有12个可能与缓解便秘有关的特有基因。根据功能将这些基因分为三类,其中第一类基因与脂肪酸水合酶,多糖和细胞膜合成相关;第二类基因与无机离子,碳水化合物转运和代谢相关;第三类基因功能未知,一般或保守。为了进一步验证与发酵乳杆菌缓解洛哌丁胺诱导便秘功能相关的基因,我们选择了同时含有上述第一类和第二类基因的发酵乳杆菌FJ12,含有第一类基因不含第二类基因的发酵乳杆菌GX51和含有第二类基因不含第一类基因的发酵乳杆菌ZH1010进行便秘动物实验,结果表明,不含脂肪酸水合酶,多糖和细胞膜合成有关基因的发酵乳杆菌ZH1010对便秘小鼠的缓解作用显着降低。
徐凤宇[2](2008)在《副结核分枝杆菌hsp65基因的克隆、表达与免疫研究》文中研究指明副结核病(Paratuberculosis)是由副结核分枝杆菌即禽分枝杆菌副结核亚种(Mycobacterium avium subsp.Paratuberculosis,MAP)引起的一种以反刍动物为主要宿主的慢性增生性、顽固性肠炎和进行性消瘦为特征的传染病,也称Johne’s病。该病不仅使病畜的饲料报酬降低,产奶量和繁殖力下降,造成巨大的经济损失,而且还与人类的克隆氏(Crohn’s)病存在潜在联系,因此,愈来愈受到世界各国的广泛关注。目前,该病尚无经济有效的治疗药物,控制该病的主要措施是加强饲养管理和消除传染源,即以变态反应、ELISA、病原分离鉴定等方法进行检疫,对检出的阳性牛隔离与淘汰。此外,也可采用预防接种的方法来控制该病,即将MAP灭活或致弱后制成疫苗进行免疫,接种疫苗不仅使该病的临床型病例减少90%,而且减少了亚临床感染动物的数量和组织学或细菌学检测阳性的病例。但是,菌苗接种后会干扰该病和结核病的变态反应和血清学检测,许多国家已经禁止使用接种菌苗来控制副结核病。因此,研究开发副结核病的新型疫苗势在必行。热休克蛋白(HSPs)是生物体受到物理、化学、生物、精神等刺激时发生应激反应而合成的高度保守的蛋白质。根据分子量,将主要的热休克蛋白分为5个家族:大分子量家族、HSP90家族、HSP70家族、HSP60家族和小分子量家族。Hsp60作为一种分子伴侣,能协助变性、不可溶的凝聚蛋白重新恢复天然构象,在许多病原体传染过程中是免疫优势抗原。hsp65基因又名groEL2基因,其编码的蛋白是HSP60家族成员,不仅可作为分枝杆菌的主要保护性抗原,还具有帮助树突状细胞递呈抗原等功能。Hsp10(GroES)作为辅分子伴侣,在GroLS指导蛋白质折叠过程中具有辅助其活性的作用,同时作为一种有效的T细胞抗原,能刺激机体产生特异性细胞免疫应答,使外周血单核细胞出现增殖反应并产生IFN-γ,是制备新型疫苗的候选抗原。为了研发预防副结核病的新型疫苗尤其是DNA疫苗及相关蛋白功能,本研究选择了MAP的主要保护性抗原Hsp65蛋白,以副结核分枝杆菌C-2株染色体DNA为模板,以hsp65基因的特异性引物进行PCR扩增,获得了1 626bp的hsp65基因,通过T-A克隆技术,将PCR产物克隆至pGEM-T Vector中,以质粒大小、酶切分析、PCR扩增及序列分析鉴定重组克隆,成功地构建出克隆质粒pGEM-T-hsp65,以DNASTAR软件分析了所克隆基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列,结果表明,所获得的hsp65基因与GenBank中MAPK-10株该基因核苷酸大小完全一致,两者核苷酸序列的同源性为99.1%,氨基酸序列的同源性为99.3%,表明该基因在副结核分枝杆菌中高度保守。进一步将pGEM-T-hsp65中的hsp65基因酶切、纯化后亚克隆至pET-32a(+)原核表达系统中,构建了高效原核表达质粒pET-32a-hsp65,在与之相匹配的E.coli BL21(DE3)表达菌株中,该质粒经IPTG诱导获得了76Ku的融合蛋白。经免疫印迹分析证实,该融合蛋白具有与副结核分枝杆菌多克隆抗体发生反应的特性。在上述研究的基础上,为研究开发MAP主要保护性基因hsp65的DNA疫苗,将克隆质粒pGEM-T-hsp65中的hsp65基因酶切、纯化后亚克隆至真核表达载体pVAX1中,成功构建了真核表达重组质粒pVAX1-hsp65,并以阳离子聚合物基因转染试剂将真核表达重组质粒转染至BHK-21细胞中,通过荧光抗体和RT-PCR技术证实hsp65基因可以在哺乳动物细胞中表达,同时将pGEM-T-hsp65中的hsp65基因酶切、纯化后亚克隆至pVAX1-hsp10中,成功构建了真核表达重组质粒pVAX1-hsp65-10。以pVAX1-hsp65和pVAX1-hsp65-10重组质粒免疫BALB/c小鼠,同时设pVAX1、生理盐水为对照组。特异性抗体检测结果显示,免疫小鼠体内分别产生了针对Hsp65的特异性抗体,且二价基因免疫组的抗体水平高于单价基因。淋巴细胞转化试验结果显示,pVAX1-hsp65和pVAX1-hsp65-10免疫组的淋巴细胞增殖活性高于生理盐水对照组,而pVAX1-hsp65和pVAX1-hsp65-10实验组之间差异不显着(P>0.05)。CD3+、CD4+、CD8+T细胞检测结果显示,pVAX1-hsp65和pVAX1-hsp65-10免疫组CD8+T细胞水平高于对照组,尚未达到统计学的显着水平(P>0.05),但也表明实验组产生了较高的以MHCⅠ类分子递呈的细胞免疫应答,pVAX1-hsp65免疫组的CD4+、CD3+T细胞数量明显高于其它组。重组质粒pVAX1-hsp65-10免疫组小鼠的IFN-γ水平明显高于对照组,pVAX1-hsp65免疫组的小鼠IFN-γ水平略高于对照组,均未达到统计学上的显着水平(P>0.05),但结果显示,重组质粒pVAX1-hsp65和pVAX1-hsp65-10均使免疫小鼠产生了细胞免疫,而且二价基因的免疫效果优于单价基因。以pVAX1-hsp65和pVAX1-hsp65-10免疫豚鼠,同时设pVAX1和副结核分枝杆菌超声抗原对照组。禽结核杆菌PPD皮试结果显示,pVAX1-hsp65和pVAX1-hsp65-10免疫组与副结核分枝杆菌超声抗原免疫组差异极显着(P<0.01),表明Hsp65和Hsp10不干扰变态反应检测。
孙淑静[3](2008)在《银耳生物反应器的基础研究》文中指出本研究以银耳芽孢为材料,进行如下研究:采用分子标记筛选确定用作转化的银耳受体菌株;优化电激转化条件;构建蘑菇gpd启动子调控的egfp基因银耳表达载体,验证egfp基因在银耳中的表达;克隆银耳自身的gpd启动子,利用egfp基因验证银耳的启动子活性;构建银耳gpd启动子调控人胰岛素基因银耳表达载体转化银耳。具体结果如下:1银耳受体菌株的筛选菌株筛选结果表明,采用ISSR和RAPD两种分子标记,三个引物将14个菌株分为五类,其中第V类包含的9个菌株在DNA水平上没有任何差异,说明银耳菌种同种异名现象比较严重。根据树状分析图挑选出有一定差异的5个菌株,衡量生长速度,测定各菌株芽孢产量,结果表明T0006产量最高,生长速度最快,T0001和T0026次之。但经抗药性测定,T0006对卡那霉素和潮霉素有抗性,T0001对潮霉素敏感性较强,因此根据以上初步筛选的结果最后确定T0001作为转化受体菌株,潮霉素为筛选标记。2高效电激转化体系的建立以T0001作为转化受体菌株,影响菌株T0001的电激转化条件的实验结果表明,菌株T0001的电激转化需要先对芽孢进行预处理才能获得转化子,用2%溶壁酶处理1h效果最佳。电压300伏,电阻600欧姆,电容25微法为菌株T0001的最适转化条件。此外,我们在电激缓冲液中加入浓度为7%PEG4000时,转化率得到较大提高,达到9.25×106个/μg质粒DNA。3蘑菇gpd启动子调控egfp基因银耳表达载体的构建及表达初探以质粒pCAMBIA1300和pEGFP为出发质粒,构建了带有双孢蘑菇gpd启动子、Tnos终止子及egfp基因的片段的表达载体pCB-BEGFP,采用以上优化后的电激条件利用电激介导转化法,把携带egfp基因的银耳表达载体pCB-BEGFP导入菌株T0001中,验证egfp基因在菌株T0001中的表达情况。转化获得了大量的转化子,通过对转化子的PCR检测(包括egfp基因、Tnos终止子),证实了egfp基因已整合到转化子基因组DNA中。转化子用蓝光激发,在荧光显微镜下发绿光及其蛋白电泳表明,双孢蘑菇gpd启动子在银耳芽孢中可以很好的调控外源基因的表达,egfp基因在银耳中得到表达。4银耳3-磷酸甘油醛脱氢酶(gpd)基因及其启动子的克隆及功能初步分析采用根据gpd氨基酸序列设计的简并引物,以菌株T0001总RNA为模板,逆转录PCR克隆了3-磷酸甘油醛脱氢酶基因的cDNA,该序列长1008bp,编码的蛋白含有336个氨基酸残基,与9种真菌3-磷酸甘油醛脱氢酶氨基酸序列进行比对,相似性达81.52%。通过Tail-PCR方法克隆了该基因的长度500bp的启动子区域,序列分析表明片段含有TATAAA盒,位于转录起始位点“A”上游25位置,还含有其它很多有关启动子的元件和因子。构建了含有此启动子区域及gus基因的银耳表达载体TGP1301,电激转化菌株T0001,随机挑取的5个转化子,GUS活性检测,有4个变为浅蓝色,初步证明该启动子有驱动外源基因在菌株T0001芽孢中表达的能力。5利用egfp基因研究银耳的启动子活性利用egfp基因研究银耳的启动子活性结果表明:成功构建了含有银耳gpd启动子及egfp基因的银耳表达载体pCB-TEGFP,根据以上电激转化条件转化银耳芽孢,载体pCB-TEGFP被转入菌株T0001基因组中;转化子蓝光的激发下,荧光显微镜观察到很强的绿光;荧光光谱测定两个转化子最大荧光激发波长Ex分别为492nm和484nm,最大荧光发射波长Em都为510nm;转化子蛋白SDS-PAGE电泳,转化子的蛋白与阴性对照相比,在大约27kDa与预期的蛋白分子量相近处有一明显的蛋白条带出现。这些结果表明egfp基因在银耳芽孢中正确表达,克隆的银耳gpd启动子具有很好的调控外源基因在银耳中表达的能力。6人胰岛素基因转化银耳及分子检测将银耳gpd启动子试用于启动药用蛋白基因,构建了携带银耳gpd启动子及人胰岛素基因的银耳表达载体pCB-TBCA400,利用电激介导转化法,把携带人胰岛素基因的银耳表达载体pCB-TBCA400导入菌株T0001中,获得了大量的抗性菌株。通过对抗性菌株进行抗性鉴定、PCR检测证实了外源基因已整合到抗性菌株基因组DNA中。胰岛素基因在菌株T0001芽孢中的表达有待于进一步验证。
沈国妙[4](2006)在《结核病复发及结核分枝杆菌耐药机制的研究》文中指出结核病是一种古老的传染性疾病,在历史上曾经夺取数以万计的生命。近年来由于全球人口流动的加速,人类免疫缺陷病毒感染的流行,耐药菌株的出现和传播,以及其它一些经济和政策等方面的原因,使得结核病卷土重来,再次构成对人类健康的重大危害。我国的结核病控制工作尽管已经取得了很大的进步,但是形势依然很严峻。结核病的复发已成为我国结核病实际防治工作中面临的难题。本研究根据我国较高的结核病复发率,选择上海地区的复发病人作为研究对象,利用基因型分型技术,对复发的病因学进行了研究。同时,针对复发患者中较高的耐药率,在文献综述的基础上,对一线抗结核药物乙胺丁醇(ethambutol,EMB)特殊的耐药现象及其耐药分子机制进行了探索性研究。全文分二个部分:第一部分结核病复发的病因学研究为研究结核病复发的病因学,首先评估了一种新的结核分枝杆菌基因型分型法—分枝杆菌散在分布重复单位基因型分析法(MIRU)。随机抽取上海地区2000年至2002年分离保存的91株菌株,对其进行MIRU分型。发现91株菌株用该分型法可得到46种基因型。12个MIRU位点的多态性分析表明各位点之间有较大的区别,其中位点26显示了较高的多态性,位点16、31、40显示了中等程度的多态性。与另一种以PCR为基础的基因型分析技术Spoligotyping相比,MIRU显示了较好的分辨率。进一步以上海地区1999年至2004年复发肺结核患者为对象,通过比较复发患者前后两次发病时结核分枝杆菌MIRU基因型的差异,来判断结核病复发的真正原因。在52例结核病复发患者中,32例患者两次发病时结核分枝杆菌的MIRU基因型发生了变化,提示62%的结核病患者的复发是由于外源性再感染而引起的。随着年龄的增加,由外源性再感染所致复发的可能性逐步降低,≤30岁、31~60岁、≥60岁复发患者中外源性再感染的比例分别为100%(4/4)、67%(12/18)、53%(16/30)。随着复发间隔时间的延长,结核病复发患者中由外源性再感染所致的可能性逐步增加,6个月内复发的患者中47%(7/15)是由外源性再感染引起的,而1年以后这个比例达到74%(17/23)。复发患者中较高的外源性再感染比例提示结核病近期传播现象较严重,结核病防治工作中应当加强传染源的早期发现,切断传播途径。外源性再感染在结核病患者中常见,也说明人体免疫系统缺乏有效的保护机制,不能保护机体免受结核分枝杆菌再次感染,这对结核病预防性疫苗的研究和开发提出了新的挑战。第二部分结核分枝杆菌EMB耐药的分子机制研究EMB是一种目前普遍采用的一线抗结核药物。先前的研究发现乙胺丁醇耐药常常与其它耐药联系在一起,为了观察这种现象是否与不同地区的菌株流行相关,本研究对上海市10年来保存的菌株的药敏结果进行了分析。结果表明,单耐EMB的菌株数显着少于单耐其它常用抗结核药物(异烟肼、利福平和链霉素)的菌株数。在耐两种以上药物的菌株中,耐EMB的菌株数量与菌株耐药种类的数目成正相关,提示菌株耐EMB与耐其它抗结核药物存在相关性。为研究embB306位点突变与菌株耐药的关系,本研究分析了116株耐药菌株和54株全敏感菌株embB306位点的突变情况。结果发现,在所有耐EMB的27株菌株中,共检测到embB306位点突变17株,在不耐EMB但耐其它药物的89株菌株中也检测到突变17株,在全敏感菌株中没有检测到embB306位点的突变。经统计学检验,embB306突变不仅与EMB耐药之间存在相关性,也与耐其它常用抗结核药物存在相关性。同时也发现embB306突变所占的比例随着耐药种类的增加而增加。由于临床上EMB单独耐药菌株数目较少,因而检测embB306位点的突变对检测菌株EMB单独耐药的实际意义不大。但embB306位点突变与菌株耐多药之间存在一定的相关性,因而检测该位点的突变可以作为快速筛查临床耐多药菌株的候选分子标记。结核分枝杆菌产生耐药的机制与其它细菌略有不同,质粒、转座子以及整合子等以基因水平传播方式介导的耐药机制较少见,染色体上的缺失和突变被认为是其产生耐药的主要方式。为进一步深入理解分枝杆菌EMB耐药产生的分子机制,以耻垢分枝杆菌作为研究模型,采用转座子突变技术研究与EMB耐药相关的新基因。使用基于Himar1转座子的MycoMarT7转座子系统,构建了耻垢分枝杆菌转座子突变文库。Southern blot实验证实Himar1转座子以随机单拷贝插入的方式分布在染色体上。进一步对该文库进行EMB耐药筛选,分离获得了4个耐药突变株分别命名为ER2A、ER4A、ER5A和ER7A,经MIC测定其耐药能力比野生型提高了20倍以上。使用接头PCR和标记挽救方法鉴定了各突变株中转座子在基因组中的插入位点。生物信息学分析表明,ER2A突变菌株中转座子插入部位基因编码单加氧酶,该酶可能参与分枝杆菌中间产物的代谢;ER4A突变株插入部位的基因为lprE,编码一种细胞内的脂蛋白;ER5A突变株插入部位的基因为编码转运蛋白的arsA;ER7A突变株中插入部位编码的基因功能未知。这些新分离到基因耐乙胺丁醇的机制有待进一步深入研究。
刘克义,于进芝[5](2004)在《利用果蝇转座子作载体构建土垢分枝杆菌变异基因文库的研究(英文)》文中进行了进一步梳理目的 利用果蝇mariner转座子作为载体构建土垢分枝杆菌随机变异基因文库以筛选影响脂肪酸代谢的基因。 方法 将果蝇转座子mos1的末端反向重复序列置于卡那霉素抗性基因两侧 ,并将此种基因插入到M2 72B载体 ,用此载体转化土垢分枝杆菌 ,用Southernblot验证外源基因的插入。将变异的基因克隆在不同碳源的培养基上培养 ,筛选只在软脂酸上生长的菌落。 结果 初筛了 4 6 8个菌落 ,有 5个不能在软脂酸上生长 ,其中 2个在ICL基因上发生变异 ,3个在PCKA基因上发生变异。ICL为乙醛酸旁路所必须 ,PCKA编码糖异生的关键酶。 结论 研究证明该转座子载体用于基因变异有效 ,变异筛选分枝杆菌中与脂肪酸代谢的基因可行。
二、利用果蝇转座子作载体构建土垢分枝杆菌变异基因文库的研究(英文)(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、利用果蝇转座子作载体构建土垢分枝杆菌变异基因文库的研究(英文)(论文提纲范文)
(1)中国人群肠道中发酵乳杆菌的基因差异及其对肠道的生理调节作用(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
缩略词对照表 |
第一章 绪论 |
1.1 发酵乳杆菌概述 |
1.1.1 发酵乳杆菌的分类与鉴定 |
1.1.2 发酵乳杆菌的生理特性 |
1.1.3 发酵乳杆菌的分离来源 |
1.2 发酵乳杆菌的比较基因组研究 |
1.2.1 发酵乳杆菌的基因组测序 |
1.2.2 发酵乳杆菌的系统发育特征 |
1.2.3 发酵乳杆菌的功能基因 |
1.3 发酵乳杆菌的主要益生功能 |
1.3.1 发酵乳杆菌对机体免疫的调节作用 |
1.3.2 发酵乳杆菌对胃肠道疾病的缓解作用 |
1.3.3 发酵乳杆菌对致病菌的拮抗作用 |
1.4 立题意义 |
1.5 论文主要研究内容 |
第二章 人体肠道中发酵乳杆菌的分离筛选 |
2.1 前言 |
2.2 材料与设备 |
2.2.1 实验材料与试剂 |
2.2.2 主要仪器设备 |
2.3 实验方法 |
2.3.1 菌株和培养基 |
2.3.2 碳水化合物利用和抗生素敏感性试验 |
2.3.3 乳酸菌碳水化合物代谢活性酶与耐药基因分析 |
2.3.4 发酵乳杆菌在MRS,LAMVAB和LFMATA培养基上的生长实验 |
2.3.5 评估MRS,LAMVAB和LFMATA培养基筛菌效果 |
2.3.6 统计分析 |
2.4 结果与讨论 |
2.4.1 人体肠道主要乳酸菌的碳水化合物利用和抗生素敏感性 |
2.4.2 筛选人体肠道中发酵乳杆菌改良培养基(LFMATA)配方 |
2.4.3 乳酸菌碳水化合物代谢酶和抗生素抗性基因分析 |
2.4.4 发酵乳杆菌在MRS、LAMVAB和LFMATA培养基上的生长情况 |
2.4.5 利用MRS、LAMVAB和LFMATA培养基分离筛选人体肠道中的细菌 |
2.5 本章小结 |
第三章 中国人群肠道中发酵乳杆菌的分布及其基因差异 |
3.1 前言 |
3.2 材料与设备 |
3.2.1 实验材料与试剂 |
3.2.2 主要仪器设备 |
3.3 实验方法 |
3.3.1 中国人群粪便样本采集及发酵乳杆菌的分离筛选 |
3.3.2 人体肠道内容物DNA提取和groEL基因序列扩增测序 |
3.3.3 发酵乳杆菌基因组草图测序 |
3.3.4 发酵乳杆菌系统发育分析 |
3.3.5 发酵乳杆菌功能基因分析 |
3.3.6 统计分析 |
3.4 结果与讨论 |
3.4.1 中国不同地区人群肠道中发酵乳杆菌的丰度和分布 |
3.4.2 中国人群肠道发酵乳杆菌的分离筛选 |
3.4.3 发酵乳杆菌的系统发育分析 |
3.4.4 不同系统发育支系上发酵乳杆菌COG同源基因分析 |
3.4.5 不同系统发育支系上发酵乳杆菌碳水化合物代谢酶基因分析 |
3.4.6 不同系统发育支系上发酵乳杆菌抗生素抗性基因分析 |
3.4.7 不同系统发育支系上发酵乳杆菌CRISPR序列和Cas酶分析 |
3.4.8 不同系统发育分支发酵乳杆菌前噬菌体基因分析 |
3.4.9 不同系统发育分支发酵乳杆菌毒力因子分析 |
3.5 本章小结 |
第四章 发酵乳杆菌缓解DSS诱导小鼠结肠炎的效果评价及相关功能基因解析 |
4.1 前言 |
4.2 材料与设备 |
4.2.1 实验材料与试剂 |
4.2.2 主要仪器设备 |
4.3 实验方法 |
4.3.1 不同发酵乳杆菌缓解DSS诱导小鼠结肠炎实验 |
4.3.1.1 发酵乳杆菌的培养条件 |
4.3.1.2 动物实验设计 |
4.3.1.3 小鼠结肠组织病理观察 |
4.3.1.4 小鼠结肠细胞因子测定和蛋白免疫印迹 |
4.3.1.5 小鼠结肠紧密连接蛋白的基因表达 |
4.3.1.6 小鼠肠道菌群测定 |
4.3.1.7 小鼠肠道短链脂肪酸测定 |
4.3.1.8 小鼠粪便中发酵乳杆菌定量PCR |
4.3.1.9 发酵乳杆菌耐酸胆盐实验 |
4.3.1.10 数据分析 |
4.3.2 发酵乳杆菌XJ61的乙醇脱氢酶基因与其缓解DSS诱导小鼠结肠炎的关系 |
4.3.2.1 发酵乳杆菌adh4基因敲除及验证 |
4.3.2.2 动物实验设计 |
4.3.2.3 小鼠结肠组织病理观察 |
4.3.2.4 小鼠结肠细胞因子测定 |
4.3.2.5 小鼠肠道通透性测定 |
4.3.2.6 小鼠肠道菌群测定 |
4.3.2.7 小鼠肠道短链脂肪酸测定 |
4.3.2.8 数据分析 |
4.4 结果与讨论 |
4.4.1 不同发酵乳杆菌对DSS诱导结肠炎小鼠的缓解作用 |
4.4.1.1 动物实验发酵乳杆菌菌株的筛选 |
4.4.1.2 发酵乳杆菌对DSS诱导结肠炎小鼠生理特性的影响 |
4.4.1.3 发酵乳杆菌对DSS诱导结肠炎小鼠免疫指标的影响 |
4.4.1.4 发酵乳杆菌对DSS诱导结肠炎小鼠肠道屏障的影响 |
4.4.1.5 发酵乳杆菌对DSS诱导结肠炎小鼠肠道微环境的影响 |
4.4.1.6 具有缓解DSS诱导结肠炎作用发酵乳杆菌功能基因分析 |
4.4.1.7 小鼠粪便发酵乳杆菌定量分析 |
4.4.1.8 发酵乳杆菌耐酸耐胆盐实验 |
4.4.2 发酵乳杆菌XJ61的乙醇脱氢酶基因与其缓解DSS诱导小鼠结肠炎的关系 |
4.4.2.1 发酵乳杆菌XJ61基因敲除XJ61Δadh4验证 |
4.4.2.2 发酵乳杆菌对DSS诱导结肠炎小鼠体重和疾病活动指数的影响 |
4.4.2.3 发酵乳杆菌对DSS诱导结肠炎小鼠结肠组织病理观察 |
4.4.2.4 发酵乳杆菌对DSS诱导结肠炎小鼠免疫指标的影响 |
4.4.2.5 发酵乳杆菌对DSS诱导结肠炎小鼠肠道屏障的影响 |
4.4.2.6 发酵乳杆菌对DSS诱导结肠炎小鼠肠道菌群的影响 |
4.4.2.7 发酵乳杆菌对DSS诱导结肠炎小鼠肠道短链脂肪酸的影响 |
4.5 本章小结 |
第五章 发酵乳杆菌缓解功能性便秘的效果评价及相关功能基因解析 |
5.1 前言 |
5.2 材料与设备 |
5.2.1 实验材料与试剂 |
5.2.2 主要实验仪器设备 |
5.3 实验设计 |
5.3.1 不同发酵乳杆菌缓解洛哌丁胺诱导小鼠便秘实验 |
5.3.1.1 动物实验设计 |
5.3.1.2 便秘小鼠体重和粪便含水量测定 |
5.3.1.3 便秘小鼠首粒黑便时间的测定 |
5.3.1.4 便秘小鼠小肠推进率的测定 |
5.3.1.5 便秘小鼠结肠短链脂肪酸含量的测定 |
5.3.1.6 便秘小鼠血清胃肠调节肽的测定 |
5.3.1.7 数据分析 |
5.3.2 发酵乳杆菌缓解洛哌丁胺诱导小鼠便秘功能基因分析 |
5.3.2.1 动物实验设计 |
5.3.2.2 便秘小鼠体重和粪便含水量测定 |
5.3.2.3 便秘小鼠首粒黑便时间的测定 |
5.3.2.4 便秘小鼠小肠推进率的测定 |
5.3.2.5 便秘小鼠结肠短链脂肪酸含量的测定 |
5.3.2.6 便秘小鼠血清胃肠调节肽的测定 |
5.3.2.7 数据分析 |
5.4 结果与讨论 |
5.4.1 发酵乳杆菌对洛哌丁胺诱导小鼠便秘的缓解作用 |
5.4.1.1 动物实验发酵乳杆菌菌株的挑选 |
5.4.1.2 发酵乳杆菌对洛哌丁胺诱导小鼠便秘指标的影响 |
5.4.1.3 发酵乳杆菌对洛哌丁胺诱导便秘小鼠短链脂肪酸的影响 |
5.4.1.4 发酵乳杆菌对洛哌丁胺诱导便秘小鼠胃肠调节肽的影响 |
5.4.1.5 发酵乳杆菌比较基因组分析 |
5.4.2 与发酵乳杆菌缓解洛哌丁胺诱导小鼠便秘相关基因的研究 |
5.4.2.1 动物实验发酵乳杆菌菌株的挑选 |
5.4.2.2 发酵乳杆菌对洛哌丁胺诱导小鼠便秘指标的影响 |
5.4.2.3 发酵乳杆菌对洛哌丁胺诱导便秘小鼠短链脂肪酸的影响 |
5.4.2.4 发酵乳杆菌对洛哌丁胺诱导便秘小鼠胃肠调节肽的影响 |
5.5 本章小结 |
主要结论与展望 |
论文创新点 |
致谢 |
参考文献 |
附录Ⅰ 作者在攻读博士学位期间取得的成果 |
附录Ⅱ 224株发酵乳杆菌平均核苷酸相似度(ANI) |
附录Ⅲ 224株发酵乳杆菌维恩图(Venn) |
附录Ⅳ 224株发酵乳杆菌核心基因和泛基因曲线 |
附录Ⅴ 人群肠道来源发酵乳杆菌的基本信息 |
附录Ⅵ NCBI来源发酵乳杆菌的基本信息 |
附录Ⅶ 6个系统发育支系上主要COG功能类别 |
附录Ⅷ 发酵乳杆菌CRISPR-Cas系统 |
(2)副结核分枝杆菌hsp65基因的克隆、表达与免疫研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
第一部分 前言 |
1.副结核病的危害 |
2.副结核分枝杆菌的生物学特性 |
3.副结核分枝杆菌的分子生物学特征 |
4.野生动物与副结核病 |
5.副结核病的基因分型技术与分子流行病学 |
6.副结核分枝杆菌与克隆病 |
7.副结核分枝杆菌相关蛋白研究进展 |
8.副结核病的发病机制 |
9.副结核病的诊断 |
10.防治 |
11.核酸疫苗 |
12.热休克蛋白 |
13.热休克蛋白60 |
14.本研究的目的和意义 |
第二部分 实验内容 |
实验一 副结核分枝杆菌hsp65基因的克隆及序列分析 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.2 方法 |
3 结果 |
3.1 副结核分枝杆菌染色体基因组DNA的提取 |
3.2 目的基因的PCR扩增产物 |
3.3 重组克隆的筛选及鉴定 |
3.4 目的基因的序列测定与分析 |
4 讨论 |
4.1 目的基因的选择 |
4.2 PCR扩增及其它反应条件的优化 |
4.3 基因克隆的载体 |
4.4 外源DNA转化入宿主菌的原理和影响因素 |
4.5 hsp65基因的核苷酸序列作为分枝杆菌进化指征的依据 |
4.6 目的基因的序列分析 |
5 小结 |
实验二 副结核分枝杆菌hsp65基因的原核表达 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.2 方法 |
3 结果 |
3.1 原核重组表达质粒的构建 |
3.2 阳性重组表达质粒的鉴定 |
3.3 SDS-PAGE分析 |
3.4 Western blot分析 |
4 讨论 |
4.1 融合表达和非融合表达 |
4.2 表达系统 |
4.3 目的蛋白的纯化与功能 |
5 小结 |
实验三 副结核分枝杆菌hsp65基因真核表达载体的构建及表达 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.2 方法 |
3 结果 |
3.1 真核表达质粒的构建 |
3.2 重组表达质粒的鉴定 |
3.3 质粒的含量和纯度 |
3.4 荧光抗体检测 |
3.5 RT-PCR鉴定 |
4 讨论 |
4.1 表达载体与转染方法的选择 |
4.2 Hsp65抗原性的初步分析 |
4.3 串联质粒的作用 |
5 小结 |
实验四 副结核分枝杆菌hsp65基因对实验动物的免疫研究 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 材料 |
2.2 方法 |
3 结果 |
3.1 重组表达质粒的纯度 |
3.2 免疫小鼠淋巴细胞转化试验 |
3.3 免疫小鼠CD3~+T、CD4~+T、CD8~+T细胞数量 |
3.4 免疫小鼠血清中特异性抗体水平 |
3.5 免疫小鼠IFN-γ的检测 |
3.6 免疫豚鼠变态反应检测 |
4 讨论 |
4.1 Hsp10蛋白 |
4.2 免疫时加入普鲁卡因的作用 |
4.3 免疫小鼠的细胞免疫应答 |
4.4 免疫小鼠血清中特异性抗体水平 |
4.5 免疫豚鼠的变态反应 |
4.6 对今后研究的设想 |
5 小结 |
结论 |
参考文献 |
致谢 |
个人简介 |
(3)银耳生物反应器的基础研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
前言 |
1 银耳生物反应器的研究背景 |
2 银耳的介绍 |
2.1 银耳的形态结构 |
2.2 银耳的生活史 |
2.3 银耳芽孢适合生长的环境 |
2.4 银耳的研究状况 |
2.5 分子标记技术在食用菌研究中的应用 |
2.6 食用菌遗传转化方法的研究 |
2.7 食用菌选择标记的研究 |
2.8 食用菌启动子的研究 |
3 绿色荧光蛋白研究进展 |
3.1 绿色荧光蛋白的性质 |
3.2 绿色荧光蛋白的化学结构 |
3.3 绿色荧光蛋白的发光机制 |
3.4 GFP突变体 |
3.5 GFP及其突变体在微生物中的应用 |
3.6 绿色荧光蛋白标记菌株的检测方法 |
3.7 GFP标记基因在真菌中的应用前景 |
4 胰岛素的研究进展 |
4.1 胰岛素的研究简史 |
4.2 胰岛素的生物合成 |
4.3 胰岛素的结构与功能 |
4.4 胰岛素的基因工程研究进展 |
4.5 胰岛素的市场前景 |
5 转基因生物的安全性 |
5.1 选择安全的选择标记 |
5.2 选择安全型载体 |
5.3 启动子的转基因安全性 |
6 本研究的目的意义 |
第一章 银耳转化受体菌株的筛选 |
1 材料与方法 |
1.1 供试菌株 |
1.2 培养基 |
1.3 试剂与仪器 |
1.4 芽孢培养 |
1.5 DNA提取方法 |
1.6 RAPD分析 |
1.7 ISSR分析 |
1.8 银耳芽孢生长速度与产量分析 |
1.9 抗药性测定 |
2 结果与分析 |
2.1 DNA的提取 |
2.2 遗传多样性分析 |
2.3 银耳芽孢培养 |
2.4 抗药性标记筛选 |
3 小结与讨论 |
第二章 银耳电激转化体系的建立 |
1 材料与方法 |
1.1 菌株与质粒 |
1.2 培养基 |
1.3 试剂 |
1.4 质粒DNA的分离提纯 |
1.5 银耳芽孢预处理 |
1.6 转化方法 |
1.7 计算与统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 芽孢预处理对质粒DNA转化率的影响 |
2.2 电压对质粒DNA转化率的影响 |
2.3 电激缓冲液对质粒DNA转化率的影响 |
2.4 质粒浓度对质粒DNA转化率的影响 |
3 小结与讨论 |
3.1 芽孢预处理对质粒DNA转化率的影响 |
3.2 电压对质粒DNA转化率的影响 |
3.3 电激缓冲液对质粒DNA转化率的影响 |
3.4 质粒浓度对质粒DNA转化率的影响 |
3.5 电激转化率的问题 |
第三章 蘑菇gpd启动子调控的增强型绿色荧光蛋白基因银耳表达载体构建及其表达 |
1 实验材料 |
1.1 供试菌株与质粒 |
1.2 培养基 |
1.3 试剂 |
1.4 主要仪器 |
2 实验方法 |
2.1 质粒DNA提取 |
2.2 重组质粒pCB-BEGFP的构建 |
2.3 银耳芽孢预处理 |
2.4 转化方法 |
2.5 转化子的分子检测 |
2.6 转化子的表达检测 |
3 结果与分析 |
3.1 银耳表达载体pCB-BEGFP的构建技术路线图 |
3.2 重组质粒的鉴定 |
3.3 转化子菌落 |
3.4 转化子抗性鉴定 |
3.5 转化子的分子检测 |
3.6 转化子的显微镜观察 |
3.7 转化子聚丙烯酰胺凝胶蛋白电泳 |
4 小结与讨论 |
第四章 银耳gpd cDNA及启动子的克隆与序列分析 |
1 实验材料 |
1.1 菌种与质粒 |
1.2 培养基 |
1.3 试剂 |
1.4 寡核苷酸引物 |
2 实验方法 |
2.1 基因组DNA的提取 |
2.2 PCR扩增反应 |
2.3 目的片段的回收、克隆及重组子的筛选 |
2.4 gus融合表达载体的构建 |
2.5 银耳表达载体TGP1301转化银耳芽孢 |
2.6 gus基因的活性检测 |
3.结果与分析 |
3.1 银耳gpd基因的克隆 |
3.2 银耳gpd基因的cDNA克隆 |
3.3 银耳gpd基因上游片段的克隆 |
3.4 启动子的克隆与序列分析 |
3.5 银耳表达载体TGP1301的构建 |
3.6 银耳芽孢的转化及gus基因的活性检测结果 |
4 讨论 |
4.1 RNA提取 |
4.2 cDNA合成与克隆 |
4.3 Tail-PCR |
4.4 启动子功能验证 |
第五章 利用增强型绿色荧光蛋白基因研究银耳启动子的活性 |
1 材料与方法 |
1.1 供试菌株与质粒 |
1.2 培养基 |
1.3 试剂 |
1.4 PCR产物回收 |
1.5 PCR产物酶切 |
1.6 质粒DNA提取 |
1.7 重组质粒的鉴定 |
1.8 重组质粒转化银耳芽孢 |
1.9 转化子的表达检测 |
2 结果与分析 |
2.1 银耳gpd启动子调控制egfp基因表达载体的构建 |
2.2 重组质粒的鉴定 |
2.3 转化子的表达检测 |
3 小结与讨论 |
第六章 人胰岛素基因表达载体的构建及转化银耳 |
1 材料与方法 |
1.1 菌种 |
1.2 主要试剂 |
1.3 所用引物 |
1.4 方法 |
2 结果与分析 |
2.1 重组质粒的PCR验证 |
2.2 转化子抗性鉴定 |
2.3 转化子的分子检测 |
2.4 转化子的Southern杂交 |
3 小结与讨论 |
结论与展望 |
1 主要研究结果 |
2 创新点 |
3 下一步研究内容 |
参考文献 |
缩略词及英汉对照 |
附录1 双孢蘑菇gpd启动子、egfp基因及Tnos序列 |
附录2 银耳gpd基因序列 |
附录3 银耳gpd cDNA序列 |
附录4 博士期间发表论文及参加课题 |
致谢 |
(4)结核病复发及结核分枝杆菌耐药机制的研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
前言 |
第一部分 结核病复发的病因学研究 |
第一章 结核病分子流行病学概述(文献综述) |
1、结核病分子流行病学常用的基因型分型方法 |
2、分子流行病学对结核病传播规律的新发现 |
3、分子流行病学方法研究结核病临床相关的疑难问题 |
4、进一步研究方向 |
5、研究目的 |
第二章 结核分枝杆菌基因型分型方法MIRU的建立 |
1、引言 |
2、材料与方法 |
3、结果 |
4、讨论 |
第三章 利用基因型分型技术研究结核病复发的原因 |
1、引言 |
2、材料与方法 |
3、结果 |
4、讨论 |
第二部分 结核分枝杆菌耐乙胺丁醇的分子机制研究 |
第一章 结核分枝杆菌耐药的分子机制(文献综述) |
1、结核杆菌耐链霉素的分子机制 |
2、结核杆菌耐异烟肼的分子机制 |
3、结核杆菌耐利福平的分子机制 |
4、结核杆菌耐吡嗪酰胺的分子机制 |
5、结核杆菌耐乙胺丁醇的分子机制 |
6、研究目的 |
第二章 结核分枝杆菌embB基因306位点突变与耐药的相关性研究 |
1、引言 |
2、材料和方法 |
3、结果 |
4、讨论 |
第三章 利用转座子突变技术分离分枝杆菌耐乙胺丁醇相关新基因 |
1、引言 |
2、材料与方法 |
3、结果 |
4、讨论 |
参考文献 |
论文总结及创新点 |
全文总结 |
主要创新点 |
附录 |
致谢 |
四、利用果蝇转座子作载体构建土垢分枝杆菌变异基因文库的研究(英文)(论文参考文献)
- [1]中国人群肠道中发酵乳杆菌的基因差异及其对肠道的生理调节作用[D]. 赵岩. 江南大学, 2021
- [2]副结核分枝杆菌hsp65基因的克隆、表达与免疫研究[D]. 徐凤宇. 吉林农业大学, 2008(11)
- [3]银耳生物反应器的基础研究[D]. 孙淑静. 福建农林大学, 2008(11)
- [4]结核病复发及结核分枝杆菌耐药机制的研究[D]. 沈国妙. 复旦大学, 2006(02)
- [5]利用果蝇转座子作载体构建土垢分枝杆菌变异基因文库的研究(英文)[J]. 刘克义,于进芝. 中国寄生虫病防治杂志, 2004(06)