一、大黄鱼基因组DNA的不同提取方法及RAPD扩增比较（论文文献综述）
胡思玲[1]（2020）在《九个大黄鱼（Larimichthys crocea）群体的遗传多样性研究》文中研究表明大黄鱼（Larimichthys crocea）,又称黄花鱼、金箔鱼、黄瓜鱼、黄鱼等。属于脊索动物门,脊椎动物亚门,硬骨鱼纲（Osteinchthyes）,辐鳍亚纲,鲈形目（Perciformes）,石首鱼科（Sciaenidae）,黄鱼属（Larimichthys）,分布于中国大陆近海域。由于过度捕捞和环境退化,野生大黄鱼的数量急剧下降。为恢复这一传统的渔业资源,我国水产科技工作者对大黄鱼进行了大量的人工繁殖与苗种培育工作,浙江、福建等地区每年向自然海区放流数以千万计的人工鱼苗。近年来自然海区大黄鱼资源量在逐年增加,取得了显着的经济,社会和生态效益。因此,关于增殖放流的大黄鱼对野生大黄鱼群体的遗传影响有必要进行评估。本研究利用大黄鱼的外部形态、解剖结构:鳔侧支、耳石结构,线粒体COI基因、Cytb基因和D-loop区以及微卫星分子标记手段,比较和分析了大黄鱼的种质差异和遗传变异,以期为大黄鱼种质保护和资源管理提供科学依据。主要研究结果如下:1.不同遗传群体的形态及分子特征根据资源调查发现,舟山部分大黄鱼野生群体的解剖特征与现有分类学图书资料中大黄鱼解剖特征不完全相符,耳石形态与原来解剖学描述也有差异。故通过比较舟山大黄鱼野生群体和福鼎大黄鱼养殖群体的形态差异,对大黄鱼的侧线下鳞、鳔支管的描述进行修订与补充。分子鉴定结果显示舟山野生大黄鱼和福鼎养殖大黄鱼的相似度最高,亲缘关系最近。2.线粒体DNA标记分析利用不同线粒体DNA分子标记（COI基因、Cytb基因和D-loop区）对9个大黄鱼群体进行研究,结果表明:获得的454bp COI序列中,总变异位点27个,简约信息位点12个,其中养殖群体含10个变异位点,野生群体含23个变异位点;获得的741bp Cytb序列中,总变异位点64个,简约信息位点34个,其中养殖群体含20个变异位点,野生群体含62个变异位点;805bp控制区中,总变异位点126个,其中养殖群体含56个变异位点,野生群体含113个变异位点。碱基组成上,大黄鱼的碱基组成均具有碱基偏向性,转换颠换比值R分别为2.1、41.6、8.7。在所有样本中COI基因检测出26个单倍型,单倍型多样性为0-0.92,核苷酸多样性为0-0.005,其中野生及养殖群体的单倍型多样性指数为0.8-0.92、0-0.54;Cytb基因和D-loop区检测出73和97个单倍型,养殖与野生单倍型多样性为（0-0.83、0-0.91）和（0.9-0.97、0.99-1）。UPGMA进化树显示野生群体聚在一起,养殖群体聚在一起。大黄鱼养殖群体与野生群体的遗传分化主要来自于群体内部。野生群体遗传多样性高于养殖群体,养殖群体遗传多样性处于较低水平,与野生群体组群间存在显着遗传分化。中性检验的Tajima’s D和Fu’s Fs分析发现野生大黄鱼群体经历了快速暴发和扩张事件。还得出大黄鱼线粒体D-loop区在种内的群体的鉴定中具有更高的灵敏性。3.微卫星DNA标记分析利用自主开发的16个大黄鱼微卫星引物,对9个大黄鱼群体进行了遗传多样性、遗传结构和历史动态分析。遗传多样性分析结果表明这16个位点中有6个属中度多态位点（0.25<PIC<0.5）,10个属高度多态位点（PIC>0.5）,平均观测杂合度为0.56,平均期望杂合度为0.61,7个位点显着偏Hardy-Weiberg平衡,9个位点未偏离平衡。各群体的等位基因数（Na）、观测杂合度（Ho）、等位基因丰富度（Ar）、期望杂合度（He）和多态信息含量（PIC）在ZS群体最高,在DQZ群体最低且均偏离哈迪温伯格平衡,表明这9个群体的遗传多样性处于中等偏上水平。AMOVA分析表明遗传变异主要来自群体内,遗传分化系数达到了显着或极显着水平。遗传距离结果表明DQZ和Z之间的遗传距离最大（D=0.28、S=0.781）,D1Y与ZS的遗传距离最小（D=0.020、S=0.981）,UPGMA系统进化树显示DQZ和YD首先聚为一大支,然后自然群体（ZS、D1Y、GZY）聚为一类,Z、SC、D1、FD聚为一类,Structure结果也呈现相似的结果,最佳K值为2或5。瓶颈效应结果表明有效群体大小（Ne）范围在8.1到无穷大,野生群体在历史上都很有可能经历过遗传瓶颈效应,等位基因频率分布图呈L型分布。
郑树清[2]（2020）在《基于全基因组测序的南方鲇性别连锁分子标记开发和性别决定候选基因鉴定》文中提出南方鲇（Silurus meridionalis Chen）又名大口鲇,隶属于鲇形目（Siluriformes）、鲇科（Siluridae）、鲇属（Silurus）,是一种广布于我国长江流域的重要经济鱼类,也是近年来开发的名特优养殖新品种。具有个体大、肉质好、生长快、抗病力强、经济价值高等特点。常见个体2-5 kg,最大个体达50 kg。雄鱼一般2-4年性成熟,雌鱼3-5年性成熟。南方鲇的生长速度和个体大小具有明显的性别二态性,雌鱼比雄鱼长得快,因此,水产上全雌化养殖能显着提高经济效益。但是南方鲇的基础研究相对薄弱,且缺乏基因组信息,为优良品种选育和性控育种带来了极大的困难。本研究中,我们首先通过将XY的正常个体与性逆转个体交配获得了YY超雄南方鲇,从而为研究鱼类性别决定提供了一个良好的模型。在此基础上,综合利用Illumina、Nanopore、Bionano和Hi-C等技术,测序组装获得高质量XX、XY和YY南方鲇个体全基因组序列,结合雌雄混合池的重测序,确定性别决定区间、筛选性别连锁分子标记、鉴定性别决定候选基因,为在基因组水平上解析南方鲇经济性状的遗传基础、开展全基因组选择育种和性控育种奠定基础。主要研究工作及结果如下。1、南方鲇染色体水平的基因组图谱构建。首先利用二代测序技术对南方鲇基因组大小和杂合度进行估测。测序得到的49.5 Gb高质量XX Illumina序列,经k-mer分析得出南方鲇XX个体基因组大小为712.42Mb,杂合度为0.49%,GC含量为39%。利用Nanopore三代测序平台,XX、XY和YY分别获得81.3 Gb,80.3 Gb和85.7 Gb的原始数据,质控之后分别为69.7 Gb,69.2 Gb和77.1 Gb,基因组覆盖度约为100×,测序平均读长分别为24.29 kb,24.15 kb和24.67 kb。经组装和纠错之后,获得基因组大小分别为741.2 Mb,727.2 Mb和750.0 Mb,contig N50分别为13.19 Mb,13.81 Mb和15.96 Mb。然后利用116.4 Gb XX、174.9 Gb XY的Bionano测序数据和80.6 Gb XX、80.4 Gb XY的Hi-C测序数据将XX、XY和YY的contig挂载到29条染色体上,分别获得738.9 Mb,723.9 Mb和739.1 Mb的染色体水平基因组,挂载率分别为99.5%、99.3%和98.54%,得到的scaffold N50长度分别为28.04 Mb,28.08 Mb和27.22 Mb。BUSCO评估结果分别为92.0%,90.7%和92.3%,说明具有较高的完整性。对XX基因组进行注释,得到40.12%的重复序列。整合从头注释、同源预测和转录组预测三种方法共预测到22,965个蛋白质编码基因,平均基因长度16,897 bp,平均基因编码区长度1,689 bp。其中,22,519个基因（98.06%）能在蛋白数据库中找到对应的功能注释。BUSCO评估基因完整性约93.1%。这些结果表明基因组组装和注释具有较好的完整性和准确性。2、南方鲇性染色体及性别决定区间的定位。利用XY性逆转雌鱼与XY雄鱼交配产生的后代中41条雌鱼构建雌鱼混合池,110条雄鱼构建雄鱼混合池,并对雌雄混合池进行建库和重测序,原始数据过滤和质控之后,分别获得342,503,436和270,953,302条reads共51.2 Gb和38.7 Gb的有效数据,比对到南方鲇XX参考基因组上,比对率分别为95.90%和98.96%,覆盖深度分别为58.94x和46.06x。对比对结果进行性别相关的SNP挖掘,经条件过滤后雌雄混合池分别剩余2,421,301和2,468,613个SNP标记,根据这些SNP位点进行FST的计算,最终确定了性染色体为24号染色体（chr.24）,性别决定区间位于X染色体3.74 Mb到5.91 Mb之间,Y染色体3.75 Mb到6.13 Mb之间。3、南方鲇性别连锁分子标记的开发。首先,将Illumina测序获得的XY雄鱼142,759,127条clean reads截短成60 bp长度（male k-mers-60）,通过Bowtie2比对到XX雌鱼参考基因组上,用SAMtools软件将没有比对到参考基因组的21,024,303条reads提取出来,并通过De novo组装软件Iterative De Bruijn Graph Assembler（IDBA）进行从头组装,得到8954个contig,然后将雌鱼混合池的172,602,041条clean reads比对到这些contig上,从比对结果中进一步过滤掉被雌鱼混合池中的reads比对上的contig,最终得到38条Y染色体特异的contig。对这些contig进行定位,并根据两侧是否存在雌雄一致序列来设计引物,分别对南方鲇养殖群体和野生群体进行PCR扩增,最终筛选出8个与性别连锁的分子标记,其中,前7个分子标记为雄性特异,而marker-8为共显性分子标记,可同时区分XX、XY和YY个体。从对南方鲇不同群体的遗传性别鉴定的结果来看,这些分子标记适用性良好,鉴定结果准确可靠。基因组比对分析发现,8个分子标记全部位于chr.24上,且均落在性别决定区间内部,从而印证了chr.24为南方鲇的性染色体。基于筛选到的这些分子标记,我们构建了南方鲇分子标记辅助生产XX全雌和YY超雄鱼的方法。4、南方鲇性别决定候选基因的鉴定。通过X和Y染色体的比对,发现在性别决定区间存在一段Y特异的序列,经过注释,发现这段序列含有一个amhr2的复制基因,命名为amhr2y。两者序列上存在一定的差异,核苷酸序列一致性为81%,编码的氨基酸序列一致性为70%。通过对南方鲇各组织及不同时期性腺转录组分析,发现amhr2y只在精巢特异表达。荧光原位杂交显示amhr2y在南方鲇5、10、30和120天的精巢体细胞和生殖细胞中均有表达。这些结果表明amhr2y可能是南方鲇的性别决定候选基因。综上所述,本研究综合利用二代和三代测序技术,测序组装获得高质量南方鲇染色体水平基因组,并完成了基因组注释。结合雌雄混合池的重测序,成功定位了南方鲇性染色体及性别决定区间;筛选到8个性别连锁分子标记并建立了分子标记辅助育种技术生产南方鲇单性鱼苗;鉴定了性别决定候选基因amhr2y。本研究结果为开展南方鲇经济性状的遗传解析、性别决定的分子机制研究和性控育种等奠定了基础。
郑利兵[3]（2019）在《大黄鱼piscidin 5 like的抗性特性研究》文中指出大黄鱼Larimichthys crocea是我国近海重要的经济鱼类,我国东南沿海最具特色的海水养殖鱼类,也是我国当前海水网箱养殖单一产量最高的品种。大黄鱼产业已是我国海水鱼类渔业链较为完整和辐射范围较广的产业。然而,人工养殖过程中导致了各种疾病的暴发,由刺激隐核虫Cryptocaryon irritans感染而引发的海水白点病尤为严重,可引起养殖大黄鱼的死亡率高达75%,造成巨大的经济损失。目前,化学药物如抗生素等的使用对海水白点病疗效不显着,还会引起药物抗性、药物残留、水体微生态系统遭受破坏等严重的副作用。因此,寻求一类可以部分替代或完全取代抗生素等化学药物的海水白点病防治药物是当前养殖生产亟需的。抗菌肽（Antimicrobialpeptides,AMPs）作为鱼类先天体液免疫中的重要组成成份,在鱼体的免疫防御中发挥重要作用,其多样的生物学活性已逐渐被发现,大量的新型AMPs被分离。Piscidins是一类具有预防细菌性、病毒性及寄生虫性疾病潜力的AMP。本论文基于刺激隐核虫人工感染大黄鱼3d后的肝脏转录组库,筛选差异表达AMPs,从中选择上调表达量和差异倍数均为最大的piscidin 5 like（命名为Lc-P5L）作为主要研究对象。在mRNA水平上,利用实时荧光定量PCR（quantitative Real-time PCR,qRT-PCR）和原位杂交（In situ hybridization,ISH）技术分别检测刺激隐核虫感染大黄鱼整个周期不同组织中Lc-P5L mRNA的转录应答模式,及组织、细胞定位变化;在蛋白水平上,构建了 Lc-P5L原核表达系统,优化了重组蛋白rLc-P5L的诱导表达、纯化工艺,分析了 rLc-P5L的抗菌、抗刺激隐核虫活性。主要结果如下:1、刺激隐核虫感染大黄鱼后肝脏转录组差异表达AMPs的筛选以差异表达基因为资源库,挖掘其中的差异表达AMPs,包括piscidin 5 like、piscidin 5 like type 4、liver expressed antibacterial peptide 2 like（LEAP 2 like）、LEAP-2 A、hepcidin、hepcidin-like、bactericidal permeability-increasing protein（BPI）共7种AMPs。其中LEAP 2家族的2个候选成员在刺激隐核虫感染3d后下调表达,其余5种均上调表达;另外,有3条序列与大黄鱼LEAP-2A基因组序列（KJ024788）具有很高的相似性,推测大黄鱼LEAP-2A基因存在可变剪切现象,但是否是因刺激隐核虫感染而引起,还有待于进一步的实验验证。2、刺激隐核虫感染前后Lc-P5L mRNA的组织、细胞定位利用ISH技术检测到Lc-P5L mRNA主要分布于大黄鱼健康个体的头肾组织中,其次为鳃、肠道、脾脏和肝脏,肌肉组织中未检测到任何阳性信号。转录表达Lc-P5L mRNA的为肥大细胞。头肾组织中,阳性信号主要围绕黑色素瘤巨噬细胞中心呈放射状分布,由内而外阳性信号数量增多、强度增强;肠道中阳性信号分布于粘膜下层;肝脏中较少的阳性信号随机分布于实质组织中。刺激隐核虫感染大黄鱼后,头肾、肠道、肝脏3种组织中Lc-P5L mRNA阳性信号的数量未发生明显变化,仅在信号强度上增强,说明这3种组织中Lc-P5L mRNA含量的增高是通过增强肥大细胞转录Lc-P5L mRNA的能力实现。大黄鱼健康个体鳃组织中阳性信号主要分布于鳃丝上,沿着鳃丝软骨两侧的血管分布,从底部到顶端逐渐增多,鳃小片的不同部位也有分布;刺激隐核虫感染后鳃组织中阳性信号数量增多、信号强度增强,且在鳃弓与鳃丝交接处出现明显阳性信号的聚集,而鳃丝顶端阳性信号的聚集程度减弱。健康大黄鱼个体脾脏中阳性信号主要沿着脾脏组织两侧边缘分布;感染后增多、增强的阳性信号分散分布于整个脾脏组织中。ISH的组织定位与qRT-PCR结果一致,也与已报道piscidin家族的组织、细胞定位相一致。3、刺激隐核虫感染大黄鱼后Lc-P5L mRNA的时空表达刺激隐核虫感染大黄鱼后,qRT-PCR结果表明所检测的6种组织中Lc-P5L mRNA都发生显着上调,显着上调的时间点与刺激隐核虫感染大黄鱼的发育周期相吻合,表明刺激隐核虫幼虫感染、滋养体寄生、滋养体脱落后的继发性细菌感染等不同阶段均能够引发宿主强烈的免疫反应。4、大黄鱼piscidin 5 like重组蛋白（rLc-P5L）的体外诱导表达、纯化工艺的优化以pET-28a为载体,E.coli BL21为表达宿主菌成功构建了大黄鱼原核表达系统,分别优化了 IPTG诱导和自诱导表达条件,建立了纯化工艺。体外原核表达系统在添加0.5%葡萄糖的改进LB培养基中,OD600达到0.5时添加终浓度为0.3mM的IPTG于28℃条件下诱导4h,或者在简化的自诱导培养基中37℃诱导6h均可获得最大诱导量。诱导表达的rLc-P5L以包涵体形式存在,通过咪唑梯度洗脱优化纯化条件获得rLc-P5L。利用western blot、质谱鉴定技术确证所获的rLc-P5L正确。构建的重组表达系统将为更深入地进行Lc-P5L的功能研究保障了材料供应,也为鱼类基因工程产品的发酵生产、创新药物或添加剂的开发等提供了重要的关键技术支撑。5、rLc-P5L的抗性特性体外抗菌试验结果表明rLc-P5L具有广谱抗菌活性,杀菌活性呈浓度和时间依赖性;扫描电子显微镜（scanning electron microscope,SEM）观察到 rLc-P5L能够引起菌体聚集,产生的大量丝状或絮状物缠绕、裹覆菌体;rLc-P5L能够通过一些病原相关分子模式靶向病原菌,并进入菌体内部结合到病原菌基因组DNA上。实验表明rLc-P5L还具备很强的抗虫活性,可通过解聚细胞核、破坏细胞膜导致虫体内容物外泄而杀灭刺激隐核虫。rLc-P5L抗性活性强,在抗菌、抗虫的有效浓度下,对真核细胞不具溶血性,有望成为创新药物、添加剂的重要候选物。
施文瑞[4]（2019）在《大鳞副泥鳅群体遗传多样性分析及性别相关分子标记的研究》文中研究表明大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）是我国重要的小型淡水养殖经济鱼类之一,具有较高的营养价值和经济价值。近年来,大鳞副泥鳅养殖业发展迅速,但是也面临着种质资源衰退、群体遗传多样性降低、雌雄生长差异较大等问题。为揭示不同群体间大鳞副泥鳅的遗传差异,同时找到其性别相关分子标记,为大鳞副泥鳅的性别控制育种提供支持,进行了以下研究:首先,对四个不同大鳞副泥鳅群体进行遗传多样性分析,为大鳞副泥鳅种质资源保护和合理开发利用提供了基础;另外,本研究利用简化基因组技术及微卫星标记开展了大鳞副泥鳅性别相关分子标记的筛选,为大鳞副泥鳅的性别控制育种提供了一定的理论基础。本研究获得的主要结果如下:1.四个大鳞副泥鳅群体的遗传多样性分析本研究利用线粒体COI基因部分序列对来自于大连、范县、武汉和台湾的四个大鳞副泥鳅群体进行了遗传多样性分析。结果显示:在642bp的COI基因序列中,碱基A、T、C、G的平均含量分别为23.5%、30.6%、26.7%、19.2%,表现出较强的AT偏好性;4个群体共检测到44个多态性位点,定义了23个单倍型;4个群体的单倍型多样性指数（h）在0.4240.855之间,核苷酸多样性指数（π）在0.000840.01659之间,台湾群体遗传多样性较高,范县群体其次,武汉群体和大连群体较低;群体间遗传分化系数FST及遗传距离分析表明台湾群体与其他群体间均存在极显着的遗传分化（P<0.01）,且与其他群体间的遗传距离均较远;AMOVA分析结果表明群体间的遗传变异高于群体内的变异（52.11%>47.89%）;大连、范县和武汉群体中性检验Tajima’s D及Fu’s Fs均为负值,提示了大连、范县和武汉群体可能经历过群体爆发和扩张事件。研究表明大鳞副泥鳅不同地理群体形成了一定的遗传分化,研究结果为大鳞副泥鳅的遗传多样性保护及选育等工作提供一定依据。2.大鳞副泥鳅性别相关SNP分子标记的筛选采用RAD-seq技术对来自于范县的60尾大鳞副泥鳅（雌、雄各30尾）进行简化基因组测序。通过这种方法,开发全基因组范围内的SNP分子标记,并利用SNP标记进行群体遗传学研究。通过测序分析共获得了179.35Gb clean data数据,测序Q30为92.13%,GC含量为40.74%;通过生物信息学分析,共获得6,699,778个SNP位点;基于RAD-seq测序结果构建了大鳞副泥鳅群体进化树,并进行群体结构分析以及主成分分析。结果显示:60个大鳞副泥鳅样本被分为两个亚群,来自两个不同的祖先群体。对数据进行统计分析发现:在雄性群体中未发现某SNP位点出现的频率大于80%,且在雌性群体中出现的频率小于20%;在雌性群体中未发现某SNP位点出现的频率大于80%,且在雄性群体中出现的频率小于20%。结果显示:通过RAD-seq技术未能筛选到大鳞副泥鳅性别相关的SNP标记。3.大鳞副泥鳅性别相关微卫星标记的筛选研究利用71对只有2个多态位点的微卫星引物,采用SSR结合BSA技术筛选大鳞副泥鳅的性别特异分子标记。首先,构建大鳞副泥鳅雌、雄基因池（雌、雄各10个个体）,利用71对微卫星引物对雌、雄基因池进行扫描分析,统计结果显示:43对引物在雌雄基因池间扩增出差异条带;然后,利用所得引物分别对雌、雄个体（各5个）进行检验,结果发现,微卫星引物（P66,P180,P134,P14-102）在雌、雄样本中的的扩增有明显差异性;最后,利用雌、雄个体（各15个）对引物进行进一步扩大验证,结果并未发现在雌、雄个体中有明显差异的微卫星引物。因此通过这种方法并未找到与大鳞副泥鳅性别相关的微卫星标记。
张佳佳[5]（2019）在《杂交黄颡鱼“黄优1号”杂种优势的初步研究》文中认为黄颡鱼是我国重要的商业水产养殖品种,味道鲜美、肉质细嫩、营养丰富、肌间刺少,深受广大消费者喜爱。近年来,由于环境变化、过度捕捞等因素,黄颡鱼个体小型化加剧,种质资源衰退严重;另一方面,由于黄颡鱼苗种繁殖产业扩大而引起的近亲繁殖,导致鱼苗质量良莠不齐,抗逆性下降,使其养殖效益减小。因此,黄颡鱼养殖业迫切需要新品种的出现,杂交优势的利用已成为提高鱼产量和改进鱼品质的重要途径之一,并且在生产中已得到应用,显示出良好的应用前景。杂交黄颡鱼“黄优1号”是以三代选育的黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）为母本,二代选育的瓦氏黄颡鱼（Pelteobagrus vachelli）为父本获得的杂交子代。本研究首先研究了杂交黄颡鱼“黄优1号”的最适养殖温度和养殖密度,然后通过其与父母本的生长对比、营养成分评价、遗传多样性及染菌免疫应答四个方面初步比较分析了杂交黄颡鱼“黄优1号”的杂种优势,为深入了解杂交黄颡鱼“黄优1号”的优良性状提供参考数据。主要研究结果如下:1. 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲生长性能比较首先,通过循环水养殖系统研究了杂交黄颡鱼“黄优1号”的最适养殖温度和养殖密度。结果显示:当水温高于39℃时,鱼苗的死亡率超过75%,低于11℃时进入麻木状态,几乎不进食。在14～35℃温度范围内,各养殖温度下杂交黄颡鱼“黄优1号”的增重率、特定生长率都出现先增加再下降的趋势;不同养殖密度下该鱼的最终体重、日增重及特定生长率均随养殖密度的增大而显着降低。通过回归拟合分析,可知该鱼生长最快的水温为28.95℃;放养密度为1.927 kg/m3可以实现最大生产率。接着,对杂交黄颡鱼“黄优1号”及其双亲的生长情况进行对比。结果显示:经过90天相同环境下养殖,杂交黄颡鱼“黄优1号”的最终体长和最终体重均高于父母本,且杂交黄颡鱼“黄优1号”的日增重率、日增长率均显着高于母本黄颡鱼,与父本瓦氏黄颡鱼的日增长率无显着差异。通过统计分析:杂交黄颡鱼“黄优1号”体长与体重的中亲杂种优势率分别为10.67%和29.16%;超亲杂种优势率分别为4.37%和18.13%,可见杂交黄颡鱼“黄优1号”具有明显的生长杂种优势。2. 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲营养成分比较对杂交黄颡鱼“黄优1号”的肌肉营养成分进行测定,并与双亲进行比较,结果显示:杂交黄颡鱼“黄优1号”的水分含量为76.90%,粗蛋白含量为18.40%,粗脂肪和粗灰分含量分别为3.70%和1.10%,且粗蛋白含量高于黄颡鱼（15.37%）和瓦氏黄颡鱼（17.15%）。杂交黄颡鱼“黄优1号”含有17种氨基酸,氨基酸含量为16.16%,必需氨基酸为6.9%,鲜味氨基酸为6.14%,必需氨基酸指数为72.18。必需氨基酸占氨基酸总量的比例由大到小依次为杂交黄颡鱼“黄优1号”（42.70%）>黄颡鱼（41.37%）>瓦氏黄颡鱼（39.42%）,表明杂交黄颡鱼“黄优1号”属于优质的营养价值。3. 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲遗传多样性比较通过瓦氏黄颡鱼转录组序列筛选获得40对微卫星多态性位点,其中获得32对均能在黄颡鱼和杂交黄颡鱼“黄优1号”中稳定扩增。利用32对微卫星引物对杂交黄颡鱼“黄优1号”及双亲进行遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果显示:杂交黄颡鱼“黄优1号”比双亲的遗传多样性高,具有的等位基因数最多（5.75）,观测杂合度最大（0.62）和PIC值最大（0.59）。杂交黄颡鱼“黄优1号”和瓦氏黄颡鱼的遗传距离（1.23）高于杂交黄颡鱼“黄优1号”和黄颡鱼的遗传距离（1.20）,低于黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼的遗传距离（1.68）。UPGMA聚类分析结果表明杂交黄颡鱼“黄优1号”和母本黄颡鱼的亲缘关系较近。4. 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲抗病能力比较通过嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）和鮰爱德华氏菌（Edwardsiella ictaluri）的染菌实验,比较分析杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲自交子代幼鱼的存活率、免疫相关酶活性及基因的表达情况,初步比较杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲的抗病能力。结果显示:注射嗜水气单胞菌后,杂交黄颡鱼“黄优1号”的存活率高于黄颡鱼,与瓦氏黄颡鱼无显着差异;注射鮰爱德华氏菌后,杂交黄颡鱼“黄优1号”的存活率高于双亲。各个免疫相关酶的活性在3种鱼肝脏组织的变化趋势基本一致,均呈现先上升再下降的趋势。且注射嗜水气单胞菌后杂交黄颡鱼“黄优1号”SOD、CAT、GSH-PX、ACP、AKP和LZM酶活性的增加倍数高于父本瓦氏黄颡鱼和母本黄颡鱼;肝脏AKP、GSH-PX、Cu/ZnSOD基因m RNA水平的表达量及Cu/ZnSOD和MnSOD蛋白水平的表达量均高于双亲,其他基因的表达量只高于母本黄颡鱼。注射鮰爱德华氏菌后,杂交黄颡鱼“黄优1号”SOD、CAT、GSH-PX和LZM酶活性的增加倍数高于双亲,ACP、AKP酶活性的增加倍数高于黄颡鱼,与瓦氏黄颡鱼相比无显着差异;肝脏AKP、LZM、GSH-PX、Cu/ZnSOD基因m RNA水平的表达量及Cu/ZnSOD和MnSOD蛋白水平的表达量均高于双亲。对杂交黄颡鱼“黄优1号”的抗病综合分析,结果显示中亲优势率为43.54%,超亲优势率为24.21%,以上结果表明杂交黄颡鱼“黄优1号”在抗病能力上优于双亲,尤其是母本黄颡鱼。
侯红红,苗亮,李明云,穆方申,徐玉敏[6]（2018）在《“东海1号”大黄鱼选育F4代遗传多样性的AFLP分析》文中研究表明应用扩增片段长度多态性（AFLP）技术对以岱衢洋野生大黄鱼为亲本、通过群体选育方法获得的"东海1号"大黄鱼选育系F4代进行了遗传多样性分析.结果显示:16对AFLP选择性扩增引物组合在选育F4代的20尾个体中共扩增出736个位点,其中多态位点292个,多态率为39.67%;各引物对的Nei’s遗传多样性指数范围为0.090 40.203 7,平均值为0.139 9;Shannon多样性范围为0.132 00.304 7,平均值为0.209 9;其遗传多样性水平与原始亲本群体相当.表明若群体选育方法得当,多代选育后仍能维持较好的遗传多样性水平.
魏敏[7]（2018）在《半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病相关QTL定位及免疫相关基因筛选和功能分析》文中进行了进一步梳理鲆鲽鱼类在形态学分类上隶属鲽形目。其中,半滑舌鳎是我国特有的,温水性近海营底栖生活的海水鱼类,主要分布于我国渤海、黄海等沿海地区,在我国具有极高经济价值和较高的科学研究价值。为了更好的适应底栖生活方式,半滑舌鳎进化发展成为一种具有内脏小,运动少,生长快,占用较少的水体生活空间等生物学特性的鲆鲽鱼类,加之其肉味鲜美,口感爽滑,蛋白质含量高,营养丰富,市场价格高,经济效益好等特点,深受广大海水养殖者的喜爱,成为我国海水养殖的重要经济鱼类。哈维氏弧菌是半滑舌鳎养殖过程中细菌病的主要病原之一,严重影响了半滑舌鳎的经济价值并阻碍了半滑舌鳎养殖业的发展。本论文主要通过对半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病相关基因座进行定位,对免疫相关基因进行初步筛选及对免疫相关基因进行初步功能研究,以期为解析半滑舌鳎抗病机制提供研究基础。1.半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病QTL定位及抗病免疫相关基因筛选为了方便筛选到与抗病免疫相关的候选基因,在实验室之前的研究基础上,对17号染色体（LG18连锁群）已经定位到的抗哈维氏弧菌病相关区间qE进行加密,在半滑舌鳎加密后的整合（LG18）、雌性（LG18F）、雄性（LG18M）连锁群上定位到11个免疫相关基因座,使得抗病相关区间从原先的7.6 Mb缩小到5.6 Mb。将加密后的区间比对到基因组上,发现其中包含311个推定基因。在GO功能富集过程中共富集到13个相关GO term;在KEGG分析中发现5个与免疫相关通路;最终,结合基因功能分类筛选到12个抗病免疫候选基因,并在后续实验中将对其中2个基因（dctn5和stat5bl）进行了深入的研究。以上结果为半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病的深入研究提供了数据基础。2.半滑舌鳎dctn5基因的克隆和特征分析,及dctn5 tv1在免疫应答反应中的功能初步分析为了探索dctn5在半滑舌鳎免疫应答反应中的功能,本试验克隆和鉴定了半滑舌鳎两个cdtn5转录本（分别命名为dctn5tv1 and dctn5tv2）的全长cDNA。这两个变体是通过可变剪切第一和第二个外显子而产生的。不同组织的qRT-PCR检测结果显示dctn5tv1在免疫相关组织中广泛表达,而dctn5tv2主要在性腺中表达。基于这些,推测dctn5 tv1参与了半滑舌鳎免疫应答反应。因此,检测了在哈维氏弧菌感染后的dctn5tv1的mRNA表达水平,结果显示在半滑舌鳎鳃、肠、脾、肾、皮肤中dctn5tv1 mRNA表达水平显着上调,为dctn5 tv1参与半滑舌鳎免疫应答提供了证据。此外,成功重组表达了 Dctn5tv1蛋白并检测了其体外抗菌活性,结果表明Dctn5tv1对大肠杆菌、无乳链球菌、副溶血弧菌、希瓦氏菌和哈维氏弧菌具有不同的抑菌活性,而对革兰氏阳性菌（无乳链球菌）和革兰氏阴性菌（大肠杆菌）具有较高的体外抑菌活性。重组蛋白Dctn5tv1在体外与细菌的结合试验结果显示Dctn5tv1能够在体外与细菌细胞结合,暗示Dctn5tv1的抗微生物活性可能在与细菌细胞结合后起作用。为探索dctn5在半滑舌鳎抗病中的机制提供了研究基础。3.半滑舌鳎stat5bl基因的克隆、鉴定及在免疫应答反应中的表达模式分析为了分析stat5bl在半滑舌鳎免疫应答反应中的作用,本试验克隆和鉴定了stat5bl全长cDNA。在氨基酸序列的多重比对中,硬骨鱼类中的stat5bl和stat5b基因的氨基酸序列相似性较高。此外,在进化分析中发现在硬骨鱼类中stat5bl和stat5b聚为同一个分支,因此推测在硬骨鱼类中stat5bl和stat5b是同一个基因。使用qRT-PCR检测了其在半滑舌鳎不同组织中的表达分布,结果显示stat5bl mRNA在免疫相关组织肝脏、鳃、皮肤高表达,因此推测stat5bl可能参与了半滑舌鳎抗病免疫反应。为了验证stat5bl在半滑舌鳎免疫应答反应中的作用,检测了哈维氏弧菌感染后stat5bl在免疫相关组织中的表达情况,结果显示stat5bl mRNA在肾脏、鳃、肠、皮肤中均出现上调表达,为stat5bl参与半滑舌鳎免疫应答反应中的推测提供了证据。stat5bl基因在肝细胞中敲降后,对Jak-STAT信号通路上的免疫相关基因的表达产生了相应调控作用。初步阐明了sta5bl基因在半滑舌鳎免疫应答反应中的作用。4.半滑舌鳎r-spondin家族新成员（rspo2l）的分子特征、表达及功能初步分析除了对通过QTL定位筛选的免疫相关基因进行功能研究外,还对本实验室通过转录组分析和文献查阅筛选到的R-spondins家族中rspo2l基因进行了相关的功能研究,我们克隆和鉴定了半滑舌鳎r-spondin家族新成员rspo2l全长cDNA。进化分析表明,rspo2l和rspo2分别各聚为一支,暗示raspo2l和rspo2具有不同的进化地位,进一步说明rspo2l和rspo2是两个独立的基因。在不同组织中rspo2l表达模式结果显示,rspo2l mRNA主要高表达于鳃、皮肤、肝脏中,在其它组织中表达较低。此外,还检测了哈维氏弧菌感染后半滑舌鳎免疫相关组织中rspo2l和其下游基因β-catenin的表达水平,结果显示,rspo2l mRNA在鳃,皮肤,脾脏,肾脏均是上调表达,而在肝脏中是下调表达。此外,下游基因β-catenin的表达趋势与rspo2l的相似,暗示rspo2l与Wnt/β-catenin信号通路可能存在一定关联。此外,成功重组表达了 Rspo21蛋白并检测了其体外的抗菌活性,结果表明Rspo21在体外对大肠杆菌、副溶血弧菌、哈维氏弧菌均没有明显的抑菌活性。基于以上结果,我们推测Rspo21不是直接参与了半滑舌鳎的抗病免疫反应而可能是通过调控Wnt/β-catenin信号通路参与了半滑舌鳎的免疫反应。这些初始结果推动了半滑舌鳎免疫应答反应中rspo2l的功能研究。
刘洋[8]（2017）在《半滑舌鳎和牙鲆变态相关基因座定位及抗病性状的基因组选择》文中研究指明鲆鲽鱼类,俗称比目鱼,身体扁平,多在近海海底营底栖生活,由于其拥有性情温顺,营养级低,活动范围小等特点,已经成为了重要的工厂化养殖鱼类。如半滑舌鳎、牙鲆等鲆鲽鱼类,在我国沿海均有广泛的养殖。在鲆鲽鱼类养殖过程中经常会出现的畸形和病害频发问题,严重制约了鲆鲽鱼类养殖业的发展。本论文通过分子育种方法,以半滑舌鳎和牙鲆为研究对象,对其外形和抗病力性状进行研究,以期为鲆鲽鱼类养殖业的健康发展提供理论基础和技术支持。1.半滑舌鳎白化相关基因座定位及分析选用半滑舌鳎白化家系,根据已有结果,将检测到白化相关基因座的半滑舌鳎15、17和21三个连锁群加密,构建出适用于基因座定位的微卫星遗传连锁群,以白化率和白化/正常两种表型性状,定位到18个白化相关基因座,包含2407个基因,其中tyrosinase related protein（tyrp2）,是在哺乳动物中与白化相关的重要基因。进一步通过GO富集和KEGG分析,发现35个GO term和14个通路与白化相关。以上结果为半滑舌鳎白化现象的深入研究提供了基础。2.半滑舌鳎眼睛偏转相关基因座定位、分析及候选基因验证选用半滑舌鳎眼睛偏转异常的特殊家系为实验材料,进行眼睛偏转相关基因座定位,发现一个与之相关的位点,通过与变态过程紧密联系的白化作为表型,结合半滑舌鳎和牙鲆家系材料,定位到一个与半滑舌鳎变态相关的两种表型的基因座重合的位点,进而验证了定位到变态相关基因座的准确性。取连锁分析和单标记分析两种方法的交集,从该基因座中筛选到一个基因rps6kb2,推测其在半滑舌鳎和牙鲆的变态中起作用。通过基因组信息结合克隆得到半滑舌鳎和牙鲆rps6kb2基因的全长,构建进化树进行分析,发现半滑舌鳎和牙鲆聚为一类,与其他硬骨鱼类相距较远。选取变态前后的半滑舌鳎和牙鲆仔鱼,通过荧光定量PCR检测rps6kb2的表达,发现其在变态过程中出现上调。同时进行半滑舌鳎变态过程中各时期样品的整体原位杂交,发现变态过程中,在颅骨、内脏、皮肤等处可以检测到rps6kb2信号,并且以变态高峰期信号分布最广。初步阐明了该基因在鲆鲽鱼类变态过程中的作用。3.牙鲆抗迟缓爱德华氏菌病的基因组选择采集2013-2015三年牙鲆家系迟缓爱德华氏菌感染实验样品,根据各家系的存活率和死亡个体的分布,选取一组可以代表感染实验结果的牙鲆样品,构建基因组选择的参考群体,同时选取2015年牙鲆家系的亲鱼作为候选群体,进行全基因组重测序以获得基因型信息,结合参考群体在感染实验中的表现为表型,通过BayesC ππ算法,进行基因组选择的计算,得到每个SNP位点效应值,根据候选群体的基因型,对各位点效应进行加和,计算出候选群体的基因组估计育种值。对参考群体基因组估计育种值和实际表型进行皮尔逊相关性比较,其相关系数为0.81,证明使用Bayes Cπ算法进行基因组选择的可行性,通过交叉验证,证明基因组选择计算结果的可重复性,同时对候选群体基因组估计育种值和其子代感染存活率进行相关性分析,得到父本相关系数为0.65,母本相关系数为0.73。抗病力强家系的父母本基因组估计育种值均值明显高于候选群体均值,该结果为牙鲆抗病高产新品种“鲆优2号”的培育提供了指导。通过牙鲆抗迟缓爱德华氏菌基因组选择技术的建立和应用,也为鲆鲽鱼类抗病育种提供了新的技术手段。4.半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病基因组选择以2014年建立的107个感染哈维氏弧菌的半滑舌鳎家系为材料构建参考群体,进行基因组DNA的提取和全基因组重测序,根据测序结果和参考群体的具体表型,通过Bayes Cπ算法进行基因组选择的计算,所得基因组估计育种值与参考群体表型相关系数为0.89,通过交叉验证,证明Bayes Cπ算法的稳定性与可重复性。选取参考群体中基因组估计育种值较高的家系的雄鱼,作为亲鱼,建立部分2015年半滑舌鳎家系并作为基因组选择的候选群体,根据参考群体计算结果,计算候选群体的基因组估计育种值。将2015年半滑舌鳎家系分为基因组选择父本和普通父本组进行比较,基因组选择父本组的感染存活率和养殖存活率分别比普通父本组高24.6%和17.0%,有效提高了半滑舌鳎养殖群体抗哈维氏弧菌病的能力。
袁赖红[9]（2017）在《微冻条件下大黄鱼气调包装保鲜工艺及菌相研究》文中进行了进一步梳理大黄鱼（Pseudosciaena crocea）是我国主要经济鱼类之一。它营养丰富、味道鲜美,是传统的食用佳品。但鱼死后会发生一系列的生理生化反应以及微生物的生长繁殖,导致鱼体发生腐败、品质下降,所以大黄鱼难以贮藏。因此,在现有保鲜方法的基础上,研究一种更好的大黄鱼物理保鲜方法显得非常重要。鉴于此,本课题以宁德养殖大黄鱼为研究对象,通过测定贮藏过程中大黄鱼的感官品质、微生物指标和理化指标,研究微冻条件下气调包装方式对大黄鱼贮藏品质的影响,为延长大黄鱼贮藏期和提高贮藏品质提供技术支持;并研究大黄鱼贮藏过程中可培养微生物的变化,初步探究大黄鱼微冻结合气调包装技术的保鲜机理,为改进大黄鱼贮藏保鲜工艺提供理论依据。主要研究结果如下:1、在（-3.0±0.5）℃微冻温度下,采取六种不同气调包装方式（空气、25%CO2/75%N2、50%CO2/50%N2、75%CO2/25%N2、75%CO2/10%O2/15%N2、100%CO2）对大黄鱼进行微冻贮藏。结果表明:综合评价大黄鱼的各项指标,六个贮藏条件下的贮藏期分别为21d、28d、32d、43d、32d和43d。对比空气包装,气调包装使大黄鱼的感官缺点评分、pH值、TVB-N、K值以及表面细菌总数均处于较低水平,并随着CO2比例的增大,保鲜效果越好。气调包装中O2的加入反而使得TBA增大、贮藏期缩短,不利于贮藏。75%CO2/25%N2和100%CO2包装贮藏两者间大黄鱼的各项指标均无显着（P>0.05）差异。因此,75%CO2/25%N2气调包装方式结合微冻是大黄鱼最佳的贮藏方式,能显着延长其贮藏期,保持良好的贮藏品质。2、应用16S rDNA测序技术分析了微冻结合气调包装保鲜条件下大黄鱼可培养微生物的变化。结果表明:贮藏末期时,大黄鱼表面可培养微生物的种类较少,主要有希瓦氏菌（55%）、假单胞菌（35%）、肉食杆菌和荧光假单胞菌,其中优势菌为希瓦氏菌和假单胞菌;肠道中的优势微生物是波罗的海希瓦氏菌和希瓦氏菌,还检出少量杀鲑气单胞菌,因此,希瓦氏菌和假单胞菌为大黄鱼的优势腐败菌。而微冻结合气调包装技术能有效抑制腐败菌的生长繁殖,延长大黄鱼的贮藏期。3、对冻结贮藏条件下大黄鱼可培养微生物的分离与鉴定。结果表明:冻藏43d后,大黄鱼表面微生物的种类呈现多样性,主要有希瓦氏菌、腐败希瓦氏、假单胞菌、恶臭假单胞菌、微嗜酸寡养单胞菌和门多萨假单胞菌,其中希瓦氏菌、腐败希瓦氏菌和假单胞菌为优势菌。肠道中的微生物种类较少,主要为希瓦氏菌属和假单胞菌。相比微冻结合气调包装保鲜方式,冻结贮藏下大黄鱼表面微生物的种类会更丰富,但是肠道中微生物的种类没有多大的差异。
林爱强[10]（2017）在《大黄鱼性别特异分子标记及部分性别相关基因的初步研究》文中研究表明大黄鱼（Larimichthys crocea）是我国养殖量最大的重要经济海水鱼类,其在生长上存在着明显的性别二态性。然而,在性成熟前很难从外形准确鉴别性别,也没有发现异形性染色体,迄今仍缺乏有效鉴别大黄鱼遗传性别的分子标记,对其性别决定机制的了解还很少。因此,本文对从大黄鱼基因组重测序数据中挖掘的与大黄鱼性别显着相关的多态性分子标记进行筛选与验证,并对不同生长发育阶段的大黄鱼进行遗传性别鉴定,然后克隆并分析了Dmrt1、Gsdf、Amh和Foxl2这四个基因在大黄鱼中的表达特性。主要研究结果如下:1、大黄鱼性别特异分子标记的开发。基于本实验室前期对大黄鱼性别决定区域定位的结果,通过重测序数据就该区域与大黄鱼全基因组参考序列进行深入地比对,发现在雄鱼Dmrt1基因中存在着一个杂合的15 bp的插入/缺失片段。利用该插入/缺失片段,开发并验证了两对可准确鉴定大黄鱼遗传性别的引物。同时,利用这两对引物鉴别了从仔鱼到成鱼期间不同生长时期的大黄鱼遗传性别。2、大黄鱼Dmrt1基因开放阅读框（ORF）918 bp,编码305个氨基酸,含有一个DM结构域。分析发现该基因只在雄鱼性腺中特异表达,且在雄鱼孵化后41天（dph）的性腺开始检测到表达,此后表达量逐渐升高,并在112日龄左右达最高,之后表达水平略有下降并维持在一定水平。在整个发育过程中,Dmrt1基因在雌鱼性腺中几乎不表达,显示了明显的性别二态性差异。Dmrt1基因在伪雄鱼性腺中表达量也较高,表明该基因与大黄鱼精巢的形成具有重要关系。3、大黄鱼Gsdf基因特异表达于性腺,在精巢中表达量远高于卵巢。在41 dph雄鱼性腺中检测到该基因表达,此后表达量逐渐上升,到123 dph达到最高值;在雌鱼性腺中,Gsdf基因在各阶段的表达量均显着低于雄鱼（p<0.05）。Gsdf基因在伪雄鱼性腺的表达量相对于雌鱼显着上调（p<0.05）。4、大黄鱼Amh基因主要在大黄鱼性腺表达,并在精巢中的表达量显着高于卵巢（p<0.05）。Amh基因在41 dph的雄鱼性腺中检测到少量表达,在55 dph明显上调,并在123 dph达到最高峰,此后表达量下降并维持稳定。Amh基因在卵巢中的表达量很低,但在伪雄鱼性腺的表达量却与正常雄鱼精巢的表达量相近。5、大黄鱼Foxl2基因主要在脑和性腺中表达,在性腺的表达量呈明显的性别二态性。同时,Foxl2基因在大黄鱼不同生长时期的性腺中都有表达,但主要在大黄鱼性腺分化时期,特别是卵巢分化阶段高表达。在伪雄鱼性腺的表达量明显比正常雌鱼低（p<0.05）。
二、大黄鱼基因组DNA的不同提取方法及RAPD扩增比较（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、大黄鱼基因组DNA的不同提取方法及RAPD扩增比较（论文提纲范文）
（1）九个大黄鱼（Larimichthys crocea）群体的遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 大黄鱼(Larimichthys crocea)分类地位 |
| 1.2 大黄鱼的生活习性 |
| 1.3 大黄鱼的经济价值 |
| 1.4 大黄鱼种群的划分 |
| 1.5 大黄鱼的养殖 |
| 1.6 大黄鱼的种质资源研究 |
| 1.7 本研究的目的及意义 |
| 第二章 不同遗传群体的形态及分子特征 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 基于线粒体DNA分析遗传变异 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 基于微卫星标记分析遗传变异 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在研期间发表的学术论文 |
（2）基于全基因组测序的南方鲇性别连锁分子标记开发和性别决定候选基因鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstracts |
| 第1章 文献综述 |
| 1 南方鲇的生物学特性及研究概况 |
| 1.1 南方鲇生物学特性 |
| 1.2 南方鲇生物学研究概况 |
| 2 鱼类性别决定研究进展 |
| 2.1 鱼类性染色体与性别决定 |
| 2.2 鱼类性别决定基因研究进展 |
| 3 鱼类性别连锁分子标记的开发及应用 |
| 3.1 微卫星分子标记 |
| 3.2 随机扩增多态性DNA分子标记 |
| 3.3 扩增片段长度多态性分子标记 |
| 3.4 单核苷酸多态性及插入缺失分子标记 |
| 3.5 基于高通量测序的分子标记开发 |
| 4 DNA测序组装技术及其在鱼类中的应用 |
| 4.1 DNA测序技术的发展概况 |
| 4.2 辅助基因组组装技术的发展概况 |
| 4.3 鱼类全基因组测序 |
| 4.4 鱼类基因组重测序 |
| 5 科学问题的提出及本研究的目的意义(含技术路线) |
| 第2章 南方鲇全基因组测序组装、注释及分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 基因组测序结果统计 |
| 3.2 基于k-mer的基因组大小评估 |
| 3.3 基因组组装与质量评估 |
| 3.4 转录组测序数据统计 |
| 3.5 基因组注释结果 |
| 3.6 比较基因组学分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 南方鲇基因组测序组装策略 |
| 4.2 南方鲇基因组特征 |
| 第3章 南方鲇性染色体及性别决定区间的定位 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 基因组DNA质量检测 |
| 3.2 原始数据过滤及质量控制 |
| 3.3 有效数据比对到参考基因组 |
| 3.4 SNP检测结果 |
| 3.5 SNP定位性染色体及性别决定区间 |
| 3.6 性别决定区间基因分布 |
| 4 讨论 |
| 4.1 雌雄混合池重测序确定性别决定区间的策略 |
| 4.2 南方鲇性染色体与性别决定区间 |
| 第4章 南方鲇性别连锁分子标记的开发 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 试剂和药品 |
| 2.3 仪器设备 |
| 2.4 实验方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 表型性别鉴定 |
| 3.2 基因组DNA质量检测 |
| 3.3 性别连锁分子标记的筛选 |
| 3.4 性别特异引物的设计 |
| 3.5 养殖群体和野生群体的遗传性别鉴定 |
| 3.6 分子标记在染色体上的分布及与性别决定区间的关系 |
| 3.7 分子标记辅助育种 |
| 4 讨论 |
| 4.1 南方鲇性别连锁分子标记的开发 |
| 4.2 南方鲇性别连锁分子标记与性别决定区间的关系 |
| 4.3 南方鲇分子标记辅助育种技术的建立 |
| 第5章 南方鲇性别决定候选基因的鉴定 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 试剂和药品 |
| 2.3 仪器设备 |
| 2.4 实验方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 性别决定区间X与Y染色体的序列差异 |
| 3.2 性别决定候选基因定位 |
| 3.3 性别决定候选基因生物信息学分析 |
| 3.4 性别决定候选基因的表达分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 YY个体的获得对鉴定性别决定候选基因的重要性 |
| 4.2 南方鲇性别决定候选基因的定位 |
| 4.3 南方鲇性别决定候选基因的表达模式 |
| 4.4 南方鲇性别决定的可能机制 |
| 4.5 鱼类性别决定基因的鉴定及其意义 |
| 结论 |
| 本研究的主要创新点 |
| 本研究的不足与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表论文 |
| 在读期间申请专利 |
| 在读期间参加科研情况 |
（3）大黄鱼piscidin 5 like的抗性特性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 大黄鱼简介 |
| 1.1.1 大黄鱼生物学简介 |
| 1.1.2 大黄鱼的基因组学研究进展 |
| 1.2 鱼类抗菌肽(Antimicrobial peptides,AMPs)研究进展 |
| 1.2.1 鱼类AMPs |
| 1.2.2 鱼类piscidins |
| 1.3 刺激隐核虫 |
| 1.3.1 生物学特征 |
| 1.3.2 对宿主的危害 |
| 1.3.3 刺激隐核虫病的防治 |
| 1.3.4 刺激隐核虫病的研究进展 |
| 1.4 研究思路及目的意义 |
| 附:技术路线 |
| 第二章 刺激隐核虫免疫大黄鱼差异表达AMPs的挖掘及piscidin 5like基因序列、定位分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 肝脏比较转录组库组装分析 |
| 2.2.2 差异表达AMPs的挖掘 |
| 2.2.3 候选AMPs差异表达变化的验证 |
| 2.2.4 大黄鱼piscidin 5 like基因(Lc-P5L)序列分析 |
| 2.2.5 Lc-P5L的二级结构预测 |
| 2.2.6 Lc-P5L的三维结构预测 |
| 2.2.7 Lc-P5L mRNA的组织、细胞定位 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 转录组库免疫相关基因简要分析 |
| 2.3.2 候选AMPs分析 |
| 2.3.3 Lc-P5LmRNA的组织、细胞定位分析 |
| 第三章 大黄鱼piscidin 5 like的诱导表达、纯化及热稳定性分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 大黄鱼piscidin 5 like基因目的片段及pET-28a质粒的制备及酶切 |
| 3.2.2 重组表达系统的鉴定 |
| 3.2.3 大黄鱼piscidin 5 like重组蛋白(rLc-P5L)的诱导表达 |
| 3.2.4 rLc-P5L的可溶性分析 |
| 3.2.5 rLc-P5L的纯化与复性 |
| 3.2.6 rLc-P5L的冷冻干燥浓缩及浓度测定 |
| 3.2.7 rLc-P5L的western blot检测 |
| 3.2.8 rLc-P5L的质谱鉴定 |
| 3.2.9 rLc-P5L的热稳定性分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 大黄鱼piscidin 5 like的抗菌活性分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 rTRX-His-tag/rGFP-His-tag的表达纯化 |
| 4.2.2 rLc-P5L的MIC和MBC检测 |
| 4.2.3 rLc-P5L抗菌的浓度相关性检测分析 |
| 4.2.4 rLc-P5L的杀菌动力学曲线 |
| 4.2.5 rLc-P5L的抗菌SEM观察 |
| 4.2.6 rLc-P5L与细菌的直接结合活性 |
| 4.2.7 rLc-P5L与LPS、LTA的竞争性结合 |
| 4.2.8 rLc-P5L与细菌基因组DNA的结合活性 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 大黄鱼piscidin 5 like的抗刺激隐核虫活性分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 材料 |
| 5.1.2 方法 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 刺激隐核虫感染对Lc-P5L mRNA的诱导表达变化 |
| 5.2.2 刺激隐核虫感染对Lc-P5L mRNA的诱导定位变化 |
| 5.2.3 rLc-P5L对刺激隐核虫幼虫形态破坏的观察 |
| 5.2.4 rLc-P5L对刺激隐核虫滋养体形态破坏的观察 |
| 5.2.5 rLc-P5L对刺激隐核虫细胞核作用的观察 |
| 5.2.6 rLc-P5L的溶血活性检测 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 刺激隐核虫感染对Lc-P5L mRNA的时空诱导变化分析 |
| 5.3.2 刺激隐核虫感染诱导的Lc-P5L mRNA定位变化分析 |
| 5.3.3 rLc-P5L对刺激隐核虫的杀灭活性 |
| 5.3.4 宿主与刺激隐核虫的互作 |
| 结语 |
| 主要结果 |
| 主要创新点 |
| 研究展望 |
| 缩略语中英文对照表 |
| 参考文献 |
| 在学期间参加的科研项目及发表的论文 |
| 致谢 |
（4）大鳞副泥鳅群体遗传多样性分析及性别相关分子标记的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 前言 |
| 1.1 大鳞副泥鳅研究进展 |
| 1.2 鱼类遗传多样性研究 |
| 1.2.1 遗传多样性概述 |
| 1.2.2 鱼类遗传多样性研究方法 |
| 1.3 鱼类性别相关DNA分子标记的研究[32] |
| 1.3.1 鱼类性别特异RAPD标记 |
| 1.3.2 鱼类性别特异AFLP标记研究 |
| 1.3.3 鱼类性别特异SSR标记 |
| 1.3.4 鱼类性别特异SNP分子标记 |
| 1.3.5 基因组测序技术在鱼类性别特异标记的研究进展 |
| 1.4 本研究的目的及意义 |
| 第二章 四个大鳞副泥鳅群体的遗传多样性分析 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验对象 |
| 2.1.2 实验仪器 |
| 2.1.3 实验试剂 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 基因组DNA的提取及检测 |
| 2.2.2 PCR扩增及测序 |
| 2.2.3 数据处理 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 序列变异特征分析 |
| 2.3.2 单倍型在群体中的分布及遗传关系 |
| 2.3.3 群体多样性和遗传结构 |
| 2.3.4 种群历史动态分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 遗传多样性分析 |
| 2.4.2 种群遗传分化分析 |
| 2.4.3 系统进化分析 |
| 第三章 大鳞副泥鳅性别相关SNP分子标记的筛选研究 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 实验对象 |
| 3.1.2 性别相关SNP的挖掘 |
| 3.2 研究方法 |
| 3.2.1 酶切方案设计 |
| 3.2.2 RAD-seq实验流程 |
| 3.2.3 生物信息分析流程 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 测序数据质量评估 |
| 3.3.2 SNP检测 |
| 3.3.3 群体SNP分析 |
| 3.3.4 系统进化树分析 |
| 3.3.5 群体结构分析 |
| 3.3.6 PCA分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 大鳞副泥鳅性别相关微卫星分子标记的筛选鉴定 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 实验对象 |
| 4.1.2 实验仪器 |
| 4.1.3 实验试剂 |
| 4.2 研究方法 |
| 4.2.1 基因组DNA的提取检测及BSA基因池的建立 |
| 4.2.2 引物来源及PCR扩增 |
| 4.2.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 |
| 4.2.4 差异条带的筛选与验证 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 BSA分池及PCR扩增条带分析 |
| 4.3.2 扩增差异引物在雌雄个体中的验证 |
| 4.4 讨论 |
| 参考文献 |
| 附录 A.生物信息分析软件列表 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
（5）杂交黄颡鱼“黄优1号”杂种优势的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 黄颡鱼远缘杂交研究进展 |
| 1.1.1 属间杂交 |
| 1.1.2 种间杂交 |
| 1.2 杂交鱼类遗传分析 |
| 1.2.1 形态学分析 |
| 1.2.2 生化特性 |
| 1.2.3 染色体分析 |
| 1.2.4 分子标记与鉴定 |
| 1.3 鱼类杂交优势的研究进展 |
| 1.3.1 生长性能 |
| 1.3.2 营养价值 |
| 1.3.3 抗逆性 |
| 1.4 本论文的研究意义和主要内容 |
| 1.4.1 研究意义 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 1.4.3 技术路线 |
| 第2章 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲生长比较分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 实验用鱼 |
| 2.2.2 实验设备 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 温度实验 |
| 2.3.2 密度实验 |
| 2.3.3 生长对比实验 |
| 2.3.4 鱼苗的饲养与管理 |
| 2.4 数据处理与分析 |
| 2.5 结果与分析 |
| 2.5.1 养殖温度对杂交黄颡鱼“黄优1号”幼鱼生长的影响 |
| 2.5.2 养殖密度对杂交黄颡鱼“黄优1号”幼鱼生长的影响 |
| 2.5.3 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲生长比较 |
| 2.6 讨论 |
| 2.6.1 最适养殖温度 |
| 2.6.2 最适养殖密度 |
| 2.6.3 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲生长比较 |
| 第3章 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲营养成分比较分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 实验用鱼 |
| 3.2.2 实验仪器设备 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 肌肉营养分析 |
| 3.3.2 肌肉营养评价 |
| 3.4 数据分析 |
| 3.5 结果与分析 |
| 3.5.1 肌肉一般成分分析 |
| 3.5.2 肌肉氨基酸组成分析 |
| 3.5.3 肌肉营养评价 |
| 3.6 讨论 |
| 第4章 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲遗传多样性分析比较 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料 |
| 4.2.1 实验用鱼 |
| 4.2.2 实验仪器设备 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 基因组DNA的提取 |
| 4.3.2 微卫星引物筛选 |
| 4.3.3 遗传多样性分析 |
| 4.4 数据分析 |
| 4.5 结果与分析 |
| 4.5.1 微卫星扩增结果 |
| 4.5.2 群体遗传多样性比较分析 |
| 4.5.3 群体亲缘关系分析 |
| 4.6 讨论 |
| 第5章 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲抗病力比较分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验材料、仪器及试剂 |
| 5.2.1 实验用鱼 |
| 5.2.2 病原菌的培养 |
| 5.2.3 实验仪器设备 |
| 5.3 实验方法 |
| 5.3.1 病原菌刺激实验 |
| 5.3.2 酶活性测定 |
| 5.3.3 荧光定量PCR |
| 5.3.4 缓冲液配置 |
| 5.3.5 蛋白质免疫印迹 |
| 5.4 数据分析 |
| 5.5 结果与分析 |
| 5.5.1 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲存活率比较 |
| 5.5.2 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲免疫酶活性比较分析 |
| 5.5.3 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲免疫基因表达分析 |
| 5.5.4 杂交黄颡鱼“黄优1号”与双亲SODs蛋白表达分析 |
| 5.6 讨论 |
| 第6章 小结 |
| 6.1 总结 |
| 6.2 展望 |
| 附录 A |
| 参考文献 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 |
| 致谢 |
（7）半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病相关QTL定位及免疫相关基因筛选和功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号及缩略语的中英文对照 |
| 绪论 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 半滑舌鳎研究进展 |
| 1.1 半滑舌鳎简介 |
| 1.1.1 生态习性 |
| 1.1.2 繁殖习性 |
| 1.1.3 雌雄生长差异 |
| 1.1.4 半滑舌鳎养殖现状 |
| 1.2 半滑舌鳎遗传学和基因组学研究进展 |
| 1.2.1 半滑舌鳎基因组学研究 |
| 1.2.2 半滑舌鳎性别决定的研究 |
| 1.2.3 抗病家系选育 |
| 2 鱼类分子标记辅助育种 |
| 2.1 分子标记 |
| 2.1.1 SSR |
| 2.1.2 RAPD |
| 2.1.3 RFLP |
| 2.1.4 AFLP |
| 2.1.5 SNP |
| 2.2 分子标记在水产上的应用 |
| 2.2.1 群体之间的遗传多样性分析 |
| 2.2.2 亲缘关系鉴定 |
| 2.2.3 性状连锁标记的筛选 |
| 2.2.4 遗传连锁图谱的构建 |
| 2.2.5 生物性状相关基因座定位 |
| 2.2.6 GWAS |
| 2.2.7 基因组选择 |
| 3 鱼类抗病免疫相关基因研究进展 |
| 3.1 鱼类抗病免疫相关基因 |
| 3.2 半滑舌鳎抗病免疫相关基因研究进展 |
| 3.3 抗病免疫基因功能研究方法 |
| 3.3.1 感染实验 |
| 3.3.2 重组蛋白抑菌实验 |
| 3.3.3 RNAi干扰 |
| 3.3.4 甲基化 |
| 第二章 半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病QTL定位及抗病免疫相关基因筛选 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验用鱼 |
| 2.1.2 实验仪器耗材 |
| 2.1.3 实验试剂及配方 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 基因组DNA |
| 2.2.2 SSR标记检测和引物设计 |
| 2.2.3 PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶(SDS-PAGE)电泳 |
| 2.2.4 基因分型 |
| 2.2.5 遗传连锁图谱的构建和QTL定位 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 遗传图谱构建 |
| 3.2 QTL定位 |
| 3.3 单标记分析 |
| 3.4 抗病候选基因筛选 |
| 4 讨论 |
| 4.1 抗病免疫相关基因座定位 |
| 4.2 抗病免疫相关基因筛选 |
| 5 小结 |
| 第三章 半滑舌鳎dctn5基因的克隆和特征分析,及dctn5_tv1在免疫应答反应中的功能初步分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验用鱼 |
| 2.1.2 实验仪器耗材 |
| 2.1.3 实验试剂及配方 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 总RNA、DNA提取和cDNA合成 |
| 2.2.2 dctn5_tv1和dctn5_tv2 ORF区序列和dctn5基因的基因组序列验证 |
| 2.2.3 全长cDNA的扩增 |
| 2.2.4 序列分析 |
| 2.2.5 进化分析 |
| 2.2.6 Real time-PCR |
| 2.2.7 重组蛋白质粒构建 |
| 2.2.8 重组蛋白质原核表达 |
| 2.2.9 Western blot |
| 2.2.10 重组蛋白质变性、纯化、复性 |
| 2.2.11 重组蛋白质谱鉴定 |
| 2.2.12 重组蛋白质体外抑菌活性检测 |
| 2.2.13 重组蛋白质体外与细菌结合 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 dctn5基因两个转录本全长cDNA克隆 |
| 3.2 序列特征分析 |
| 3.2.1 dctn5基因基因组序列分析 |
| 3.2.2 氨基酸多重比对 |
| 3.3 进化分析 |
| 3.4 Real-time PCR分析 |
| 3.4.1 dctn5_tv1和dctn5_tv2 mRNA的组织分布 |
| 3.4.2 哈维氏弧菌感染后dctn5_tv1在免疫组织中表达 |
| 3.5 Dctn5_tv1蛋白的重组表达 |
| 3.5.1 SDS-PAGE和Western blot |
| 3.5.2 重组蛋白的质谱鉴定 |
| 3.6 重组蛋白Dctn5_tv1的体外抑菌 |
| 3.7 Dctn5_tv1重组蛋白体外与细菌结合试验 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基因序列分析 |
| 4.2 基因的表达分析 |
| 4.3 重组蛋白Dctn5_tv1验证和变性复性 |
| 4.4 重组蛋白Dctn5_tv1体外抑菌 |
| 5 小结 |
| 第四章 半滑舌鳎stat5bl基因的克隆、鉴定及在免疫应答反应中的表达模式分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验用鱼 |
| 2.1.2 实验仪器耗材 |
| 2.1.3 实验试剂及配方 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 总RNA、DNA提取和cDNA合成 |
| 2.2.2 stat5bl ORF区部分序列和stat5bl基因的基因组序列验证 |
| 2.2.3 全长cDNA的扩增 |
| 2.2.4 序列分析 |
| 2.2.5 进化分析 |
| 2.2.6 Real time-PCR |
| 2.2.7 细胞培养 |
| 2.2.8 RNAi干扰 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 stat5bl基因全长cDNA克隆 |
| 3.2 序列特征分析 |
| 3.2.1 stat5bl基因组结构分析 |
| 3.2.2 氨基酸多重比对 |
| 3.3 进化分析 |
| 3.4 Real-time PCR分析 |
| 3.4.1 stat5bl mRNA的组织分布 |
| 3.4.2 哈维氏弧菌感染后stat5bl在免疫组织中表达 |
| 3.5 肝脏细胞培养 |
| 3.6 RNAi干扰 |
| 3.6.1 siRNA有效靶点筛选 |
| 3.6.2 RNAi干扰后免疫基因的表达情况 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基因序列分析 |
| 4.2 进化分析 |
| 4.3 基因的表达分析 |
| 4.4 stat5bl基因RNAi干扰 |
| 5 小结 |
| 第五章 半滑舌鳎r-spondin家族新成员(rspo2l)的分子特征、表达及功能初步分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验用鱼 |
| 2.1.2 实验仪器耗材 |
| 2.1.3 实验试剂及配方 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 总RNA、DNA提取和cDNA合成 |
| 2.2.2 rspo2l ORF区序列验证 |
| 2.2.3 全长cDNA的扩增 |
| 2.2.4 序列分析 |
| 2.2.5 进化分析 |
| 2.2.6 Real time-PCR |
| 2.2.7 重组蛋白质粒构建 |
| 2.2.8 重组蛋白质原核表达 |
| 2.2.9 Western blot |
| 2.2.10 重组蛋白质变性、纯化、复性 |
| 2.2.11 重组蛋白质谱鉴定 |
| 2.2.12 重组蛋白质体外抑菌活性检测 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 rspo2l全长cDNA克隆 |
| 3.2 序列特征分析 |
| 3.2.1 rspo2l的基因组结构分析 |
| 3.2.2 氨基酸多重比对 |
| 3.3 进化分析 |
| 3.4 Real-time PCR分析 |
| 3.4.1 rspo2l mRNA的组织分布 |
| 3.4.2 哈维氏弧菌感染后rspo2l和β-catenin在免疫组织中表达 |
| 3.5 Rspo21蛋白的重组表达 |
| 3.5.1 SDS-PAGE和Western blot |
| 3.5.2 重组蛋白的质谱鉴定 |
| 3.6 重组蛋白Rspo21的体外抑菌 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基因序列分析 |
| 4.2 基因的表达分析 |
| 4.3 重组蛋白Rspo21验证和变性复性 |
| 5 小结 |
| 全文总结 |
| 全文创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间的科研成果 |
| 攻读博士学位期间获得的荣誉 |
（8）半滑舌鳎和牙鲆变态相关基因座定位及抗病性状的基因组选择（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号及缩略语的中英文对照 |
| 绪论 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 鲆鲽鱼类研究现状 |
| 1.1 半滑舌鳎 |
| 1.2 牙鲆 |
| 2 鱼类分子育种技术研究进展 |
| 2.1 分子标记辅助育种 |
| 2.1.1 分子标记 |
| 2.1.2 群体分析 |
| 2.1.3 亲子鉴定 |
| 2.1.4 性状连锁标记的筛选 |
| 2.1.5 遗传连锁图谱 |
| 2.2 性状相关基因座定位 |
| 2.3 全基因组关联分析 |
| 2.4 基因组选择 |
| 2.4.1 基因组选择的计算方法 |
| 2.4.2 基因组选择的应用 |
| 3 鱼类主要经济性状研究现状 |
| 3.1 生长性状 |
| 3.2 变态 |
| 3.3 抗病性状 |
| 3.4 抗逆性状 |
| 3.5 本研究的目的意义 |
| 第二章 半滑舌鳎白化相关基因座定位 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 家系材料 |
| 1.2 仪器与试剂 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 半滑舌鳎基因组DNA的提取 |
| 2.2 表型数据的处理 |
| 2.3 QTL初步定位所用微卫星标记的选择 |
| 2.4 PCR扩增 |
| 2.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.6 基因分型结果的读取 |
| 2.7 遗传连锁图谱的构建 |
| 2.8 各表型性状的QTL初步定位 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 表型性状 |
| 3.2 选用标记 |
| 3.3 遗传连锁图谱的构建及定位 |
| 3.4 单标记分析 |
| 3.5 半滑舌鳎定位结果与基因组的结合 |
| 3.6 半滑舌鳎白化相关基因的富集分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 表型的选取 |
| 4.2 白化相关基因座 |
| 4.3 白化相关基因 |
| 第三章 半滑舌鳎眼睛偏转相关基因座定位 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 家系材料 |
| 1.1.1 半滑舌鳎 |
| 1.1.2 牙鲆 |
| 1.2 仪器与试剂 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 半滑舌鳎及牙鲆基因组DNA的提取 |
| 2.2 表型数据的处理 |
| 2.3 QTL初步定位所用微卫星标记的选择 |
| 2.4 PCR扩增 |
| 2.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.6 基因分型结果的读取 |
| 2.7 遗传连锁图谱的构建 |
| 2.8 各表型性状的QTL初步定位 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 表型性状 |
| 3.2 选用标记 |
| 3.3 遗传连锁图谱的构建及定位 |
| 3.4 单标记分析 |
| 3.5 半滑舌鳎定位结果与基因组的结合 |
| 4 讨论 |
| 4.1 表型性状的选取 |
| 4.2 定位结果的相互验证 |
| 4.3 定位结果与基因组的结合 |
| 第四章 rps6kb2的克隆以及在鲆鲽鱼类变态过程中的表达模式 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 实验仪器 |
| 1.2 实验试剂 |
| 1.3 试剂配置方法 |
| 1.4 实验耗材 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 样品总RNA提取及cDNA合成 |
| 2.1.1 样品总RNA提取 |
| 2.1.2 cDNA合成 |
| 2.2 半滑舌鳎rps6kb2基因已知序列验证 |
| 2.2.1 PCR扩增 |
| 2.2.2 胶回收纯化PCR产物 |
| 2.2.3 连接与转化 |
| 2.2.4 挑取单克隆测序 |
| 2.3 半滑舌鳎rps6kb2基因全长cDNA克隆 |
| 2.3.1 3'和5'RACE cDNA合成 |
| 2.3.2 rps6kb2基因3'和5' RACE扩增 |
| 2.3.3 rps6kb2基因的基因组序列扩增 |
| 2.4 rps6kb2基因序列分析 |
| 2.5 rps6kb2基因进化分析 |
| 2.6 rps6kb2所在信号通路的分析 |
| 2.7 Real-time qPCR分析 |
| 2.8 整体原位杂交 |
| 2.8.1 rps6kb2基因探针合成 |
| 2.8.2 质粒提取 |
| 2.8.3 特异性探针合成 |
| 2.8.4 整体原位杂交 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 半滑舌鳎不同变态时期形态学特征 |
| 3.2 rps6kb2所在信号通路的分析 |
| 3.3 半滑舌鳎rps6kb2基因全长及序列分析 |
| 3.4 半滑舌鳎rps6kb2基因进化分析 |
| 3.5 半滑舌鳎和牙鲆不同变态时期rps6kb2基因表达 |
| 3.6 半滑舌鳎rps6kb2基因整体原位杂交 |
| 4 讨论 |
| 4.1 rps6kb2基因的功能、通路与鲆鲽鱼类变态的联系 |
| 4.2 rps6kb2基因的克隆与分析 |
| 4.3 rps6kb2在鲆鲽鱼类变态过程中的表达 |
| 第五章 牙鲆抗迟缓爱德华氏菌病基因组选择 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 实验用鱼 |
| 1.2 迟缓爱德华氏菌 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 牙鲆家系的建立 |
| 2.1.1 亲鱼的培育 |
| 2.1.2 牙鲆家系的人工授精 |
| 2.1.3 牙鲆家系的培育 |
| 2.2 牙鲆家系迟缓爱德华氏菌感染实验 |
| 2.2.1 迟缓爱德华氏菌的培养 |
| 2.2.2 迟缓爱德华氏菌半致死浓度的确定 |
| 2.2.3 迟缓爱德华氏菌感染正式实验 |
| 2.3 牙鲆抗迟缓爱德华氏菌病基因组选择样品的选取 |
| 2.3.1 参考群体的选取 |
| 2.3.2 候选群体的选取 |
| 2.4 参考群体和候选群体的测序和基因型的整理 |
| 2.4.1 重测序及SNPcaling |
| 2.4.2 重测序数据基因型的整理 |
| 2.5 牙鲆抗迟缓爱德华氏菌基因组选择的计算 |
| 2.5.1 基因组选择计算的表型 |
| 2.5.2 基因组选择的计算方法 |
| 2.5.3 牙鲆基因组选择软件 |
| 2.5.4 Bayes Cπ算法的交叉验证 |
| 2.5.5 基因组选择计算结果的分析 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 牙鲆家系的建立 |
| 3.2 牙鲆迟缓爱德华氏菌感染 |
| 3.3 牙鲆基因组选择样品的选取 |
| 3.3.1 参考群体的选取 |
| 3.3.2 候选群体的选取 |
| 3.4 基因组选择样品的重测序 |
| 3.4.1 基因组选择实际用到的样品 |
| 3.4.2 重测序所得SNP位点的统计 |
| 3.5 牙鲆基因组选择计算SNP位点效应 |
| 3.6 牙鲆基因组选择算法的交叉验证 |
| 3.7 参考群体基因组估计育种值分析 |
| 3.8 候选群体基因组估计育种值的分析 |
| 3.9 基因组选择在“鲆优2号”培育中的应用 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基因组选择表型的选取 |
| 4.2 基因组选择结果的验证 |
| 4.3 不同标记密度对基因组选择计算结果的影响 |
| 第六章 半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病基因组选择 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 实验用鱼 |
| 1.2 哈维氏弧菌 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 半滑舌鳎家系的建立 |
| 2.1.1 亲鱼的培育 |
| 2.1.2 半滑舌鳎家系的人工授精 |
| 2.1.3 半滑舌鳎家系的培育 |
| 2.2 半滑舌鳎家系哈维氏弧菌感染实验 |
| 2.2.1 哈维氏弧菌的培养 |
| 2.2.2 哈维氏弧菌半致死浓度的确定 |
| 2.2.3 哈维氏弧菌感染正式实验 |
| 2.3 半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病基因组选择样品的选取 |
| 2.3.1 参考群体的选取 |
| 2.3.2 候选群体的选取 |
| 2.4 参考群体和候选群体的测序和基因型的整理 |
| 2.4.1 重测序及SNPcalling |
| 2.4.2 重测序数据基因型的整理 |
| 2.5 半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病基因组选择的计算 |
| 2.5.1 基因组选择计算的表型 |
| 2.5.2 基因组选择的计算方法 |
| 2.5.3 基因组选择软件 |
| 2.5.4 Bayes Cπ算法的交叉验证 |
| 2.5.5 基因组选择计算结果的分析 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 半滑舌鳎家系的建立 |
| 3.2 半滑舌鳎哈维氏弧菌感染 |
| 3.3 半滑舌鳎基因组选择样品的选取 |
| 3.3.1 参考群体的选取 |
| 3.3.2 候选群体的选取 |
| 3.4 基因组选择样品的重测序 |
| 3.4.1 基因组选择实际用到的样品 |
| 3.4.2 重测序所得SNP位点的统计 |
| 3.5 半滑舌鳎基因组选择计算SNP位点效应 |
| 3.6 参考群体基因组估计育种值分析 |
| 3.7 半滑舌鳎基因组选择算法的交叉验证 |
| 3.8 候选群体基因组估计育种值的分析 |
| 3.9 基因组选择结果在半滑舌鳎抗病育种中的应用 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基因组选择与传统分子标记辅助育种方式的比较 |
| 4.2 基因组选择在畜牧和水产中应用的比较 |
| 4.3 基因组选择算法的选取 |
| 4.4 半滑舌鳎和牙鲆基因组选择的比较 |
| 全文总结 |
| 全文创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间的科研成果 |
（9）微冻条件下大黄鱼气调包装保鲜工艺及菌相研究（论文提纲范文）
| 缩略词对照表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1 大黄鱼概述 |
| 2 鱼类死后的品质变化 |
| 3 水产品保鲜技术研究进展 |
| 3.1 物理保鲜 |
| 3.2 化学保鲜 |
| 3.3 生物和微生物保鲜 |
| 4 微冻保鲜技术的研究现状 |
| 4.1 微冻保鲜技术的原理 |
| 4.2 微冻保鲜技术在水产品保鲜中的研究现状 |
| 5 气调包装技术的研究现状 |
| 5.1 各气体组分在气调包装中的作用 |
| 5.2 气调包装技术在水产品保鲜中的研究现状 |
| 6 水产品死后菌相变化和微生物菌群多样性分析方法 |
| 6.1 水产品死后菌相变化 |
| 6.2 微生物菌群多样性分析方法 |
| 6.2.1 生理生化方法 |
| 6.2.2 分子生物学方法 |
| 6.2.3 高通量测序技术 |
| 7 研究背景、意义以及主要研究内容 |
| 7.1 本课题的研究背景及意义 |
| 7.2 主要研究内容 |
| 第二章 大黄鱼微冻结合气调包装保鲜技术研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验主要仪器和设备 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 材料预处理 |
| 1.3.2 大黄鱼冻结曲线与临界冻结点温度的测定 |
| 1.3.3 大黄鱼气调包装工艺 |
| 1.3.4 检测指标与方法 |
| 1.3.5 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 大黄鱼冻结曲线的测定 |
| 2.2 感官品质 |
| 2.3 汁液流失率 |
| 2.4 pH值 |
| 2.5 挥发性盐基氮(TVB-N) |
| 2.6 硫代巴比妥酸值(TBA) |
| 2.7 K值 |
| 2.8 蛋白质含量 |
| 2.9 微生物菌落总数 |
| 3 讨论 |
| 4 本章小结 |
| 第三章 大黄鱼贮藏过程中菌相变化研究 |
| 第一节 微冻结合气调包装下大黄鱼可培养细菌的分离与鉴定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验主要药品和试剂 |
| 1.3 实验主要仪器和设备 |
| 1.4 实验方法 |
| 1.4.1 大黄鱼的处理及贮藏方法 |
| 1.4.2 大黄鱼菌悬液的制备 |
| 1.4.3 细菌培养物的分离、纯化及初步鉴定 |
| 1.4.4 细菌基因组DNA的提取 |
| 1.4.5 细菌16S rDNA的PCR扩增 |
| 1.4.6 细菌16S rDNA测序与鉴定 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 细菌菌落特征 |
| 2.2 细菌个体特征(镜检结果) |
| 2.3 细菌DNA的提取结果 |
| 2.4 PCR扩增结果分析 |
| 2.5 16S rDNA测序结果分析 |
| 3 讨论 |
| 第二节 冻藏条件下大黄鱼可培养细菌的分离与鉴定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验主要药品和试剂 |
| 1.3 实验主要仪器和设备 |
| 1.4 实验方法 |
| 1.4.1 大黄鱼的处理及贮藏方法 |
| 1.4.2 大黄鱼菌悬液的制备 |
| 1.4.3 细菌培养物的分离、纯化及初步鉴定 |
| 1.4.4 细菌基因组DNA的提取 |
| 1.4.5 细菌DNA的PCR扩增 |
| 1.4.6 细菌16S rDNA测序与鉴定 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 细菌菌落特征 |
| 2.2 细菌个体特征(镜检结果) |
| 2.3 细菌DNA的提取结果 |
| 2.4 PCR扩增结果分析 |
| 2.5 16S rDNA测序结果分析 |
| 3 讨论 |
| 第三节 本章小结 |
| 第四章 结论与展望 |
| 1 结论 |
| 2 本研究的创新点 |
| 3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 不同气调包装方式下大黄鱼微冻贮藏效果图 |
| 致谢 |
（10）大黄鱼性别特异分子标记及部分性别相关基因的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 鱼类性别决定 |
| 1.1.1 遗传型性别决定(GSD) |
| 1.1.2 环境型性别决定(ESD) |
| 1.1.3 环境影响的遗传型性别决定 |
| 1.2 鱼类性腺发育与分化 |
| 1.2.1 鱼类性腺发育 |
| 1.2.2 鱼类性腺分化 |
| 1.3 鱼类性别相关基因 |
| 1.3.1 Sox基因家族 |
| 1.3.2 Dmrt基因家族 |
| 1.3.3 Foxl2 基因 |
| 1.3.4 Amh基因 |
| 1.3.5 Gsdf基因 |
| 1.3.6 芳香化酶基因 |
| 1.3.7 其它基因 |
| 1.4 鱼类性别相关分子标记 |
| 1.4.1 随机扩增多态性DNA |
| 1.4.2 扩增片段长度多态性 |
| 1.4.3 微卫星分子标记 |
| 1.4.4 单核苷酸多态性或插入/缺失标记 |
| 1.5 大黄鱼性别相关的遗传基础研究概况 |
| 1.5.1 大黄鱼简介 |
| 1.5.2 大黄鱼性腺发育与性别分化的研究 |
| 1.5.3 大黄鱼性别相关基因的研究 |
| 1.5.4 大黄鱼性别决定机制和性别连锁分子标记研究 |
| 1.6 本研究的目的及意义 |
| 1.7 本研究的内容和技术路线 |
| 1.7.1 研究内容 |
| 1.7.2 技术路线 |
| 第2章 大黄鱼性别特异分子标记的筛选与验证 |
| 2.1 实验材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 基因组DNA的提取 |
| 2.2.2 性别相关SNP筛选结果 |
| 2.2.3 雌雄基因组序列比对寻找差异的DNA片段结果 |
| 2.2.4 与性别显着相关的SNP位点验证结果 |
| 2.2.5 大黄鱼雌雄基因组差异的DNA片段验证结果 |
| 2.2.6 人工养殖大黄鱼个体遗传性别的鉴定 |
| 2.2.7 伪雄鱼遗传性别的鉴定 |
| 2.3 讨论 |
| 第3章 大黄鱼Dmrt1 基因的克隆与表达分析 |
| 3.1 实验材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 不同日龄大黄鱼的遗传性别鉴定 |
| 3.2.2 大黄鱼各组织及性腺RNA的提取 |
| 3.2.3 大黄鱼Dmrt1 基因的序列分析 |
| 3.2.4 大黄鱼成鱼不同组织中Dmrt1 基因的表达分析 |
| 3.2.5 大黄鱼不同发育阶段性腺中Dmrt1 基因的表达分析 |
| 3.2.6 大黄鱼伪雄鱼性腺中Dmrt1 基因的表达分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第4章 大黄鱼Gsdf基因的克隆与表达分析 |
| 4.1 实验材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 大黄鱼Gsdf基因的序列分析 |
| 4.2.2 大黄鱼成鱼不同组织中Gsdf基因的表达分析 |
| 4.2.3 大黄鱼不同发育阶段性腺中Gsdf基因的表达分析 |
| 4.2.4 大黄鱼伪雄鱼性腺中Gsdf基因的表达分析 |
| 4.3 讨论 |
| 第5章 大黄鱼Amh基因的克隆与表达分析 |
| 5.1 实验材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 大黄鱼Amh基因的序列分析 |
| 5.2.2 大黄鱼成鱼不同组织中Amh基因的表达分析 |
| 5.2.3 大黄鱼不同发育阶段性腺中Amh基因的表达分析 |
| 5.2.4 大黄鱼伪雄鱼性腺中Amh基因的表达分析 |
| 5.3 讨论 |
| 第6章 大黄鱼Foxl2 基因的克隆与表达分析 |
| 6.1 实验材料与方法 |
| 6.1.1 实验材料 |
| 6.1.2 实验方法 |
| 6.2 结果 |
| 6.2.1 大黄鱼Foxl2 基因的序列分析 |
| 6.2.2 大黄鱼成鱼不同组织中Foxl2 基因的表达分析 |
| 6.2.3 大黄鱼不同发育阶段性腺中Foxl2 基因的表达分析 |
| 6.2.4 大黄鱼伪雄鱼性腺中Foxl2 基因的表达分析 |
| 6.2.5 大黄鱼41 日龄雄鱼性腺中Dmrt1/Gsdf/Amh基因的表达比较 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 大黄鱼Foxl2 基因 |
| 6.3.2 大黄鱼Dmrt1/Gsdf/Amh/Foxl2 基因之间的关系 |
| 第7章 结论与展望 |
| 7.1 研究结论 |
| 7.2 创新点 |
| 7.3 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 在学期间发表的学术论文 |
四、大黄鱼基因组DNA的不同提取方法及RAPD扩增比较（论文参考文献）
- [1]九个大黄鱼（Larimichthys crocea）群体的遗传多样性研究[D]. 胡思玲. 浙江海洋大学, 2020(01)
- [2]基于全基因组测序的南方鲇性别连锁分子标记开发和性别决定候选基因鉴定[D]. 郑树清. 西南大学, 2020
- [3]大黄鱼piscidin 5 like的抗性特性研究[D]. 郑利兵. 厦门大学, 2019(08)
- [4]大鳞副泥鳅群体遗传多样性分析及性别相关分子标记的研究[D]. 施文瑞. 河南师范大学, 2019(07)
- [5]杂交黄颡鱼“黄优1号”杂种优势的初步研究[D]. 张佳佳. 南京师范大学, 2019(02)
- [6]“东海1号”大黄鱼选育F4代遗传多样性的AFLP分析[J]. 侯红红,苗亮,李明云,穆方申,徐玉敏. 宁波大学学报(理工版), 2018(04)
- [7]半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病相关QTL定位及免疫相关基因筛选和功能分析[D]. 魏敏. 南京农业大学, 2018(07)
- [8]半滑舌鳎和牙鲆变态相关基因座定位及抗病性状的基因组选择[D]. 刘洋. 南京农业大学, 2017(07)
- [9]微冻条件下大黄鱼气调包装保鲜工艺及菌相研究[D]. 袁赖红. 福建农林大学, 2017(01)
- [10]大黄鱼性别特异分子标记及部分性别相关基因的初步研究[D]. 林爱强. 集美大学, 2017(05)